2020 Fiscal Year Annual Research Report
Analysis of lineage-specific chromosomal conformation by in vitro enChIP
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18K06176
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| Research Institution | Hirosaki University |
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Principal Investigator |
藤田 敏次 弘前大学, 医学研究科, 准教授 (10550030)
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| Project Period (FY) |
2018-04-01 – 2021-03-31
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| Keywords | ChIP / enChIP / in vitro enChIP / locus-specific ChIP / CRISPR |
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| Outline of Annual Research Achievements |
染色体三次元構造の動的変化の理解には、解析対象とするゲノム領域と相互作用しているゲノム領域を網羅的に同定することが重要である。申請者らは、細胞から標的とするゲノム領域を特異的に単離する方法としてin vitro enChIP法を開発した。本方法に次世代シーケンス解析（NGS解析）を組み合わせることで、標的とするゲノム領域と相互作用しているゲノム領域を網羅的に同定することが可能である。
本研究では、in vitro enChIP法とNGS解析を組み合わせたin vitro enChIP-Seq法の最適化を通して、本技術を汎用的なゲノム領域間相互作用解析技術として確立する。さらに、細胞系列特異的な染色体三次元構造の解明を目的として、抗体産生B細胞の分化制御因子であるPax5をコードするPax5遺伝子と相互作用しているゲノム領域を網羅的に同定する。本研究では、B細胞特異的な染色体構造の解明に迫るとともに、ゲノム領域間相互作用の視点から、B細胞分化制御機構について解析する。
本年度は、前年度に引き続き、マウスB細胞およびヒトB細胞を用いたin vitro enChIP-Seq解析において共通して検出されたPax5遺伝子相互作用ゲノム領域を、ゲノム編集によって欠損させる。まず、ゲノム編集方法について、使用する細胞株に最適の手法を確立した。次いで、共通して検出されたPax5遺伝子相互作用ゲノム領域をゲノム編集によって欠損させた。現在、ゲノム編集細胞でのPax5遺伝子プロモーターからの遺伝子発現の変化について詳細に解析している。また、細胞増殖・分化などの細胞恒常性の変化についても解析している。
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