2021 Fiscal Year Annual Research Report
Micobiota in colorectal tumor molecular subtype
Project/Area Number |
18K07276
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Research Institution | Kansai Medical University |
Principal Investigator |
田原 智満 関西医科大学, 医学部, 講師 (80533968)
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Project Period (FY) |
2018-04-01 – 2022-03-31
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Keywords | 大腸癌初期病変 / 細菌叢 / 遺伝子メチル化 / 遺伝子変異 |
Outline of Annual Research Achievements |
大腸腫腺腫病変(n=280)の内視鏡切除材料由来サンプルよりDNAを抽出し遺伝子変異・メチル化解析を念頭に濃度調整を行い、一部をバイサルファイト反応を行い凍結保存した。上記コホートについて臨床情報(性、年齢、病変サイズ、肉眼形態、部位、病理結果)を取得しデータの整理を進めている。細菌解析・腫瘍ゲノム解析は、Fusobacteriumnucleatum、Fusobacteriumwhole speciesに関してリアルタイムPCRを施行した。候補遺伝子変異であるKRAS(EXON2)APC(EXON15)BRAF(V600E)に関して、プライマーをデザインし、実験条件を確認した。候補遺伝子メチル化であるMINTs,MLH1,などに関して、プライマーをデザインし、実験条件を確認した。さらに、各臓器における炎症・腫瘍疾患でメチル化が報告されている遺伝子45個を新たに選定、パイロシークエンスプライマーを専用ソフトを用いデザインした。2019年度、2021年度の2度にわたる代表者異動に伴い実験がストップしてしまい、2021年度から実験室を立ち上げ実験を再開したが大部分の実験が未施行の状況で最終年度終了となった。本研究の当初の目的は大腸腫瘍初期病変の分子サブタイプごとの細菌プロファイルを行い、異なる大腸腫瘍の分子サブタイプを規定しうる細菌を同定、さらに、因果関係を評価するために動物モデルを用い感染実験を行うことであった。科研費事業終了後も本研究は我々の研究室の研究テーマである「消化器炎症・癌患者の臨床検体を用いたGenetic/epigenetic異常の解析と予後に関する検討」の一端として継続予定であり、科研費により購入した解析試薬を用い収集した大腸腫瘍サンプルに関して、候補遺伝子解析をもとにした、分子サブタイプによる分類、次世代シークエンサーを用いた網羅的細菌解析を行う。
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