2020 Fiscal Year Annual Research Report
Is EBV found in cancer tissues involved in the formation of unknown cancer subtypes?
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18K07284
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| Research Institution | Tokyo Metropolitan Institute of Medical Science |
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Principal Investigator |
大保木 啓介 公益財団法人東京都医学総合研究所, ゲノム医学研究センター, 副参事研究員 (80415108)
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| Project Period (FY) |
2018-04-01 – 2021-03-31
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| Keywords | EBウイルス |
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| Outline of Annual Research Achievements |
EBウイルス関連胃癌（EBVaGC）はEBV由来のEBER1/2 small RNAのin situハイブリダイゼーションにより診断される。The Cancer Genome Atlas (TCGA) Stomach Adenocarcinoma (STAD)プロジェクトでは、EBV分子サブタイプは複数の次世代シーケンシング法（NGS）を組み合わせて決定されたが、ゴールドスタンダードのin situハイブリダイゼーション法では決定されなかった。このことは、異なるアプローチで検出されたEBV陽性率の不一致やシークエンシングリードの閾値に関する疑問を残していると考えられる。そこで我々は375の腫瘍と32の正常サンプルを含むTCGA-STAD RNAシーケンシング（RNA-seq）データセットを、我々の解析パイプラインを使用して再解析し、3回のランダムなアラインメントでEBVゲノムにマッピングすることで、EBV由来のNGSリードの信頼できる閾値を定義した。胃がんの病理組織学的サブタイプに対するEBVの予後への影響についても分析し、再解析により同定された EBV 陽性症例は、浸潤リンパ球シグネチャとは独立していて、全症例のほぼ半数（49.6％）を構成し、全生存期間は、Adenocarcinoma, NOSでは有意に長く(P = 0.016, HR：0.476；95％CI：0.260-0.870)、Tubular adenocacinomaでは有意に短かかった(P＝0.005；HR：3.329；95％CI：1.406-7.885）。RNA-seq解析から導かれたEBV陽性例では、胃がん患者の予後について、病理組織学的サブタイプに応じて異なる結果を示しており、予後予測に利用できる可能性を示唆した。
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Research Products
(1 results)
