希少がんである脊索腫における腫瘍原生並びに治療標的となるゲノム変異の探索

2020 Fiscal Year Research-status Report

• Project/Area Number: 18K07330
• Research Institution: Jichi Medical University
• Principal Investigator: 秋山 達 自治医科大学, 医学部, 教授 (40376471)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 山口 岳彦 獨協医科大学, 医学部, 教授 (80245125) ; 川井 章 国立研究開発法人国立がん研究センター, 中央病院, 科長 (90252965) ; 松田 浩一 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 教授 (90401257)
• Project Period (FY): 2018-04-01 – 2022-03-31
• Keywords: 脊索腫 / ゲノム探索 / 遺伝子治療 / プレシジョンメディスン / 悪性腫瘍

Outline of Annual Research Achievements

コンソーシアム参加20 施設より収集された正常組織およびBNCTならびに脊索腫検体を用い、DNA の精製を行った。すべての腫瘍組織検体は中央病理診断を経て診断の再確認と検体の評価を行った。まず腫瘍凍結切片よりHE 染色を実施し、腫瘍細胞の含有率の測定を行った。精製後のgenomic DNA 1-4ug を用いHiseq2500 にてWESを東京大学医科学研究所にて行っている。解析によって得られた配列データは東京大学医科学研究所のスーパーコンピュータを使ってヒトゲノム参照配列に対してマッピングを行い正常組織と脊索腫の遺伝子変異を比較している。また、微小スキップ転移巣ならびに微小腫瘍塞栓に関連する遺伝子変異も解析中である。これにより腫瘍特異的な新規遺伝子変異を同定する見込みである。基本的には網羅的なWESを実施しているが、既報や今回のWESの解析結果を踏まえて解析対象遺伝子を選択しTSを行うことも検討している。 TSは解析対象配列のリード数が多くなるため、質の劣化したFFPE由来DNAにおいても安定した解析結果が得られることが示されている。すでに46例の検体の存在し、前向きにも検体の収集を進めており、今後も試料の追加が見込まれている。さらにSanger Instituteが公表している脊索腫WESデータを参照配列にマッピングされた形式（cram形式）で入手する予定である。このデータと我々のデータを同時に解析することで頻度は低いものの臨床的には重要な意味を持つ遺伝子異常を同定することも可能となる。

Current Status of Research Progress

4: Progress in research has been delayed.

Reason

上記の解析を進めているが、コロナ対応などで研究施設への人の出入りや検体採取、患者同意などが非常に遅れている。集まった検体に関しては解析を行っているが、当初見込みの期間より大幅に遅れている。今後はコロナ対応をしつつ解析を進めていく予定である。

Strategy for Future Research Activity

方向性自体は定まっているので集まった検体を正確に解析し、その後、できる限り検体を収集していくことで研究の制度を挙げていく必要がある。コロナ禍の状況が改善しなければ仕事の進み方は遅くなるが、進行していることも事実である。よって、今後の研究の推進方策はコロナ禍で時間はかかるが現在の方向性でしっかりと仕事を仕上げていくことになる。

Causes of Carryover

コロナ禍で研究が遅延しているため。