The whole genome analysis to rule out responsible mutation inducing chordoma

2022 Fiscal Year Annual Research Report

• Project/Area Number: 18K07330
• Research Institution: Jichi Medical University
• Principal Investigator: 秋山 達 自治医科大学, 医学部, 教授 (40376471)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 山口 岳彦 獨協医科大学, 医学部, 教授 (80245125) ; 川井 章 国立研究開発法人国立がん研究センター, 中央病院, 科長 (90252965) ; 松田 浩一 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 教授 (90401257)
• Project Period (FY): 2018-04-01 – 2023-03-31
• Keywords: 脊索腫 / ゲノム探索 / 遺伝子治療 / プレシジョンメディスン / 悪性腫瘍 / 腫瘍原生遺伝子変異 / がん遺伝子 / がん治療

Outline of Annual Research Achievements

国内の20医療機関、8研究機関からなる骨軟部腫瘍ゲノムコンソーシアムを通じて、希少がんである脊索腫検体を収集し、コンソーシアムにより収集された臨床検体の病理評価を行い、DNA 精製後に次世代型シーケンサーによる網羅的な全エクソームシークエンス解析（WES）とターゲットシークエンス (TS)、情報解析を実施した。目的は新たな脊索腫特異的なdriver変異・治療標的分子の同定である。その結果、brachyury(Pilay N et al. Nat Genet 2012)やLYST(Tarpey P et al. Nat Commun 2017)という2つの既存の遺伝子変異が確認され、我々の研究の妥当性が確認された。さらに、我々の解析でほかの癌腫では報告されている遺伝子変異が2種類新たに同定された。この変異はbrachyuryやLYSTの変異と同程度の我々のコホートでは発現していた。また、染色体変異も複数種類確認することができた。現在これの変異の報告論文を作成中である。病理組織系との関連を合わせて解析中であり、局所浸潤能や転移能とのデータとの関連についても確認中である。ただし、現在日本では重粒子線照射が主流となっている関係もあり。質の良いサンプルがが20程度しか集められなかったため統計学的にどこまで有意とするかの問題も残っている。さらにこの研究を発展させるため、この遺伝子の脊索腫におけるとしてin vitroならびにin vivoの解析を準備している。コロナの影響もあり、報告できるレベルのデータが出たのが科研費の終了間際であったため、これから学会発表も行う予定である。論文を合わせて作成していることは先に述べたとおりである。よって、報告についてはこれからである。