2019 Fiscal Year Research-status Report
マイクロサテライト不安定性検査の定量化はMSI-Hの検出感度を向上させる
| Project/Area Number |
18K07339
|
|---|
| Research Institution | Research Institute for Clinical Oncology, Saitama Cancer Center |
|---|
Principal Investigator |
山本 剛 埼玉県立がんセンター(臨床腫瘍研究所), 臨床腫瘍研究所, 医長 (80384189)
|
|---|
| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
宮部 泉 埼玉県立がんセンター(臨床腫瘍研究所), 病院 腫瘍診断・予防科, 研究員 (20800155)
赤木 究 埼玉県立がんセンター(臨床腫瘍研究所), 病院 腫瘍診断・予防科, 科長(兼)部長 (30244114)
高橋 朱実 埼玉県立がんセンター(臨床腫瘍研究所), 病院 腫瘍診断・予防科, 研究員 (40743620)
|
|---|
| Project Period (FY) |
2018-04-01 – 2021-03-31
|
| Keywords | MSI検査 / NSG / 大腸癌 / MSH6 |
|---|
| Outline of Annual Research Achievements |
本年度は、400例のFragment解析を前向きに行い、全症例に対して並行してNGSを用いたMSI解析を行った。また、AmpliVarとSeqPrepという2つの解析ソフトを組み合わせた手法で、マッピングを行わずにMSI検査の結果を定量・グラフ化するツールを作成した。このツールを用いると、1症例が1分程度でグラフ化され、非常に早く結果が得られた。さらにNGSを用いたMSI検査の結果200症例を用いて、Test cohortとValidation cohortを設定し、Test cohortを用いて、MSSとMSI-HのMeighted mean differenceを算出、Thresholdを決定した。この値を用いてValidation cohortを判定した所、100%で判別可能になる事が明らかとなった。準備段階で明らかになっていた、MSH6を原因遺伝子とするリンチ症候群の症例もMSI-Hと判定されていた。これらの結果をまとめて現在「Familial Cancer」に投稿準備中であり、次年度初頭には投稿を行う予定である。
|
| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
1: Research has progressed more than it was originally planned.
Reason
当初の計画より早く、定量化のアルゴリズムが完成し、論文作成段階に入ることが出来た。
|
| Strategy for Future Research Activity |
論文作成・投稿を行い、研究成果を発信する。また、新しいアルゴリズムでMSI検査を行い検証する。
|
| Causes of Carryover |
試薬の使用量等を調整し、低コストでNGSを用いたMSI検査を行う事ができるようになった。作製した論文の校正。投稿費用や、新しいアルゴリズムを用いたMSI検査の結果検証に用いる。
|
Research Products
(3 results)
