Construction of cfDNA quality management and quality check system in genetic testing

2020 Fiscal Year Annual Research Report

• Project/Area Number: 18K07451
• Research Institution: Saga University
• Principal Investigator: 佐藤 明美 佐賀大学, 医学部, 助教 (20568357)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 末岡 榮三朗 佐賀大学, 医学部, 教授 (00270603) ; 中村 秀明 佐賀大学, 医学部, 助教 (10452616)
• Project Period (FY): 2018-04-01 – 2021-03-31
• Keywords: Liquid biopsy / cfDNA / NGS / 品質管理

Outline of Annual Research Achievements

Liquid biopsyを用いたNGS検査では、現在常温で保存できる専用の採血管を用いて行うことが一般的となっている。しかし、cfDNAは病態によって変化しており、その変化を見ることによって得られることも多い。つまり検体間の比較がとても大切である。比較に用いる検体をどこにするのかを考えていくと日常的に検査する採血管でcfDNAが保存できていればそれは可能になると考えらる。また保存の方法が適切でないと検査不能になるため適切な保存状況について検討を行ってきた。昨年行った保存検体を用いたNGS検査では検査不能であった検体はDNAの総量が6ng以下であり、DNA総量が関係することが示唆された。しかし、その検体の品質がどのように関係していたのかがわかっていない。
その品質について何で評価するかということをいくつか検討した。まずDNAサイズ分布について検討したが、cfDNAは微量であるため、測定が困難であった。実際、組織DNAを用いてNGS検査する前に品質チェックとして、gDNA の分解度（断片化）をDNA Integrity Number（DIN）の測定で行われることが知られていた。そこで、cfDNAのDINの測定が可能かどうか検討を行っている。これが可能であれば、NGS検査で検査不能であった検体の品質についても確認ができると考えている。cfDNAを用いたNGS検査にDINによる品質チェックが加われば、長期間に保存した検体の検査への有効性が判断できると考えられる。