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2019 Fiscal Year Research-status Report

Elucidation of the mechanism for neurodevelopmental disorder derived from chromosomal microstructural abnormalities

Research Project

Project/Area Number 18K07803
Research InstitutionTokyo Women's Medical University

Principal Investigator

山本 俊至  東京女子医科大学, 医学部, 教授 (20252851)

Project Period (FY) 2018-04-01 – 2021-03-31
Keywordsマイクロアレイ染色体検査 / 次世代シーケンス / デジタルPCR / long sequence
Outline of Annual Research Achievements

ヒトゲノムの一次構造情報を応用したマイクロアレイや次世代シーケンス技術が広まってきたことによって、微細なゲノム構造異常を同定することが可能となった。特に、神経発達障害患者においては、このようなゲノム構造異常がしばしば発症に関わっていることが明らかになってきた。中には、リピート配列やレトロトランスポゾン挿入等、一次構造の特徴から生じたものもあるが、今のところメカニズムが明らかでない複雑なゲノム構造異常も存在する。本研究では、これまでの理解では解釈できないメカニズムによると考えられるユニークな構造異常の切断点解析を行い、新たなメカニズムを明らかにしたいと考えている。前年度よりNanopore sequenceを用いたlong sequenceによる全ゲノム解析に取り組んでいる。これにより、これまでに解析できた例のうち1例は、複数の切断点を同定することができ、引き続き行ったサンガー解析により、全ての融合点がnon-homologous end-joiningを示していることを明らかにできた。その結果、総合的に勘案してこの複雑な構造異常はchromothripsisによって生じたものと考えられた。現在同様の解析を積み増しているところであり、解析中途のものにおいては、まだ未確定ではあるが、chromoanasynthesisと考えられるメカニズムを示した例もあった。また、2段階プロセスによって生じたと考えられるものもあり、現在解析中である。これらの解析を通じて、普遍的なゲノム構造異常のメカニズムと疾患との関連を明らかにしたい。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

1: Research has progressed more than it was originally planned.

Reason

計画通りデータを収集できており、さらに新たなデータも収集中である。まとまったデータが得られたものについては論文化作業中であり、計画通り研究を進めることができている。

Strategy for Future Research Activity

計画通り、データ収集を進め、全て論文として公表できる見込みである。

Causes of Carryover

計画していた予算より少ない予算で研究計画を進めることができたものであり、研究の進捗には特に問題はなかった。次年度においては繰越予算を使って解析数をさらに増やして研究を進め、より良い結果が得られるものと考えている。

  • Research Products

    (23 results)

All 2020 2019

All Journal Article (18 results) (of which Peer Reviewed: 18 results,  Open Access: 4 results) Presentation (4 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Invited: 1 results) Book (1 results)

  • [Journal Article] Analyses of breakpoint-junctions of complex genomic rearrangements comprising multiple consecutive microdeletions by nanopore sequencing.2020

    • Author(s)
      Imaizumi T, Yamamoto-Shimojima K, Yanagishita T, Ondo Y, Yamamoto T.
    • Journal Title

      J Hum Genet

      Volume: in press Pages: in press

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] A novel α-spectrin pathogenic variant in trans to α-spectrin LELY causing neonatal jaundice with hemolytic anemia from hereditary pyropoikilocytosis coexisting with Gilbert syndrome.2020

    • Author(s)
      Suzuki T, Togawa T, Kanno H, Ogura H, Yamamoto T, Sugiura T, Kouwaki M, Saitoh S.
    • Journal Title

      J Pediatr Hemat/Onc

      Volume: in press Pages: in press

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Deletion in the cobalamin synthetase W domain-containing protein 1 gene is associated with congenital anomalies of the kidney and urinary tract.2020

    • Author(s)
      Kanda S, Ohmuraya M, Akagawa H, Horita S, Yoshida Y, Kaneko N, Sugawara N, Ishizuka K, Miura K, Harita Y, Yamamoto T, Oka A, Araki K, Furukawa T, Hattori M.
    • Journal Title

      J Am Soc Nephrol

      Volume: 31 Pages: 139-147

    • DOI

      doi: 10.1681/ASN.2019040398.

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Primrose syndrome associated with unclassified immunodeficiency and a novel ZBTB20 mutation.2020

    • Author(s)
      Yamamoto-Shimojima K, Imaizumi T, Akagawa H, Kanno H, Yamamoto T.
    • Journal Title

      Am J Med Genet A

      Volume: 182 Pages: 521-526

    • DOI

      doi: 10.1002/ajmg.a.61432.

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Establishment of a simple and rapid method to detect MECP2 duplications using digital polymerase chain reaction.2020

    • Author(s)
      Imaizumi T, Yamamoto-Shimojima K, Yamamoto H, Yamamoto T.
    • Journal Title

      Congenit Anom (Kyoto).

      Volume: 60 Pages: 10-14

    • DOI

      doi: 10.1111/cga.12325.

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Duchenne型筋ジストロフィー患者の母親で認められたモザイク変異と遺伝カウンセリング.2020

    • Author(s)
      村松みゆき, 白井謙太朗, 今泉太一, 柳下友映, 山本圭子, 山本俊至.
    • Journal Title

      脳と発達

      Volume: 52 Pages: 41-44

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Genomic backgrounds of Japanese patients with undiagnosed neurodevelopmental disorders.2019

    • Author(s)
      Yamamoto T, Imaizumi T, Yamamoto-Shimojima K, Lu Y, Yanagishita T, Shimada S, Chong PF, Kira R, Ueda R, Ishiyama A, Takeshita E, Momosaki K, Ozasa S, Akiyama T, Kobayashi K, Oomatsu H, Kitahara H, Yamaguchi T, Imai K, Kurahashi H, Okumura A, Oguni H, Seto T, Okamoto N.
    • Journal Title

      Brain Dev.

      Volume: 41 Pages: 776-782

    • DOI

      doi: 10.1016/j.braindev.2019.05.007.

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Preimplantation genetic testing for aneuploidy: a comparison of live birth rates in patients with recurrent pregnancy loss due to embryonic aneuploidy or recurrent implantation failure.2019

    • Author(s)
      Sato T, Sugiura-Ogasawara M, Ozawa F, Yamamoto T, Kato T, Kurahashi H, Kuroda T, Aoyama N, Kato K, Kobayashi R, Fukuda A, Utsunomiya T, Kuwahara A, Saito H, Takeshita T, Irahara M.
    • Journal Title

      Hum Reprod.

      Volume: 34 Pages: 2340-2348

    • DOI

      doi: 10.1093/humrep/dez229.

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] PRRT2 mutations in Japanese patients with benign infantile epilepsy and paroxysmal kinesigenic dyskinesia.2019

    • Author(s)
      Okumura A, Shimojima K, Kurahashi H, Numoto S, Shimada S, Ishii A, Ohmori I, Takahashi S, Awaya T, Kubota T, Sakakibara T, Ishihara N, Hattori A, Torisu H, Tohyama J, Inoue T, Haibara A, Nishida T, Yuhara Y, Miya K, Tanaka R, Hirose S, Yamamoto T.
    • Journal Title

      Seizure

      Volume: 71 Pages: 1-5

    • DOI

      doi: 10.1016/j.seizure.2019.05.017.

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Compound heterozygous ALDH7A1 mutation causes the hemi-allelic expression in a patient with pyridoxine-dependent epilepsy.2019

    • Author(s)
      Yanagishita T, Yamamoto-Shimojima K, Koike T, Nasu H, Takahashi Y, Akiyama T, Nagata S, Yamamoto T.
    • Journal Title

      Tokyo Women's Medical University Journal

      Volume: 3 Pages: 73-77

    • DOI

      doi.org/10.24488/twmuj.2019005.

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Narrowing down the region responsible for 1q23.3q24.1 microdeletion by identifying the smallest deletion.2019

    • Author(s)
      Hoshina T, Seto T, Shimono T, Sakamoto H, Okuyama T, Hamazaki T, Yamamoto T.
    • Journal Title

      Hum Genome Var.

      Volume: 6 Pages: 47

    • DOI

      doi: 10.1038/s41439-019-0079-1.

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Natural histories of patients with Wolf-Hirschhorn syndrome derived from variable chromosomal abnormalities.2019

    • Author(s)
      Yamamoto-Shimojima K, Kouwaki M, Kawashima Y, Itomi K, Momosaki K, Ozasa S, Okamoto N, Yokochi K, Yamamoto T.
    • Journal Title

      Congenit Anom (Kyoto).

      Volume: 59 Pages: 169-173

    • DOI

      doi: 10.1111/cga.12318.

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Sequential radiologic findings in osteopathia striata with cranial sclerosis.2019

    • Author(s)
      Tomita Y, Chong P-F, Yamamoto T, Akaminea S, Imaizumi T, Kira R.
    • Journal Title

      Diagn Interv Imaging.

      Volume: 100 Pages: 529-531

    • DOI

      doi: 10.1016/j.diii.2019.04.001.

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Advantages of ddPCR in detection of PLP1 duplications.2019

    • Author(s)
      Imaizumi T, Yamamoto-Shimojima K, Yamamoro T.
    • Journal Title

      Intractable Rare Dis Res.

      Volume: 8 Pages: 198-202

    • DOI

      doi: 10.5582/irdr.2019.01067.

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Elucidation of the pathogenic mechanism and potential treatment strategy for a female patient with spastic paraplegia derived from a single-nucleotide deletion in PLP1.2019

    • Author(s)
      Yamamoto-Shimojima K, Imaizumi T, Aoki Y, Inoue K, Kaname T, Okuno Y, Muramatsu H, Kato K, Yamamoto T.
    • Journal Title

      J Hum Genet

      Volume: 64 Pages: 665-671

    • DOI

      doi: 10.1038/s10038-019-0600-x.

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] A case of de novo splice site variant in SLC35A2 showing developmental delays, spastic paraplegia, and delayed myelination.2019

    • Author(s)
      Miyamoto S, Nakashima M, Ohashi T, Hiraide T, Kurosawa K, Yamamoto T, Takanashi J, Osaka H, Inoue K, Miyazaki T, Wada Y, Okamoto N, Saitsu H.
    • Journal Title

      Mol Genet Genomic Med.

      Volume: 7 Pages: e814

    • DOI

      doi: 10.1002/mgg3.814.

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Phenotypic features of 1q41q42 microdeletion including WDR26 and FBXO28 are clinically recognizable: The first case from Japan.2019

    • Author(s)
      Yanagishita T, Yamamoto-Shimojima K, Nakano S, Sasaki T, Shigematsu H, Imai K, Yamamoto T.
    • Journal Title

      Brain Dev.

      Volume: 41 Pages: 452-455

    • DOI

      doi: 10.1016/j.braindev.2018.12.006.

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] De novo 1p35.2 microdeletion including PUM1 identified in a patient with sporadic West syndrome.2019

    • Author(s)
      Imaizumi T, Mogami Y, Okamoto N, Yamamoto-Shimojima K, Yamamoto T.
    • Journal Title

      Congenit Anom (Kyoto).

      Volume: 59 Pages: 193-194

    • DOI

      doi: 10.1111/cga.12322.

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 小児神経科医が知っておくべき臨床遺伝学的検査.2020

    • Author(s)
      山本俊至
    • Organizer
      第20回常総セミナー
    • Invited
  • [Presentation] Genomic backgrounds of Japanese patients with undiagnosed neurodevelopmental disorders.2019

    • Author(s)
      Yamamoto T, Imaizumi T, Yamamoto-Shimojima K, Yanagishita T, Seto T, Okamoto N.
    • Organizer
      The 59th Annual Meeting of the Japanese Teratology Society/ The 13th World Congress of the International Cleftlip and Palate Foundation -CLEFT 2019-
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 着床前染色体異数性診断(PGT-A)に用いる染色体数的異常の診断方法の検討.2019

    • Author(s)
      山本俊至, 山本圭子, 恩藤由美子, 青山直樹, 黒田知子, 加藤恵一.
    • Organizer
      臨床遺伝2019 in Sapporo/第26回日本遺伝子診療学会大会・第43回日本遺伝カウンセリング学会学術集会合同学術集会
  • [Presentation] 神経発達障害に対するクリニカルシーケンスの診断効率.2019

    • Author(s)
      山本俊至, 今泉太一, 山本圭子, 柳下友映, 瀬戸俊之, 岡本伸彦.
    • Organizer
      日本人類遺伝学会第64回大会
  • [Book] 症例でわかる小児神経疾患の遺伝学的アプローチ2019

    • Author(s)
      山本俊至
    • Total Pages
      212
    • Publisher
      診断と治療社
    • ISBN
      4787824376

URL: 

Published: 2021-01-27  

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