エクソーム解析で疾患原因不明の患者に対する新手法による原因解明の試み

2020 Fiscal Year Research-status Report

• Project/Area Number: 18K07864
• Research Institution: Kanagawa Children's Medical Center (Clinical Research Institute)
• Principal Investigator: 榎本 友美 地方独立行政法人神奈川県立病院機構神奈川県立こども医療センター(臨床研究所), 臨床研究所, 研究員 (20506290)
• Project Period (FY): 2018-04-01 – 2022-03-31
• Keywords: イントロン変異 / トランスポゾン挿入変異 / 全ゲノムシーケンス / 先天性疾患

Outline of Annual Research Achievements

昨年度に引き続き全ゲノムシーケンス解析をベースとした先天性疾患症例の遺伝子解析を行った。本研究ではこれまでに行った解析（エクソームシーケンス解析、染色体検査、CGHマイクロアレイ解析等）において疾患原因変異がみつかっていない患者を解析対象としており、イントロン等のエクソン外領域変異、トランスポゾン挿入変異、複雑構造異常変異等、通常のエクソームシーケンス解析で検出できない変異が見つかる可能性がある。今年度は6名の全ゲノムシーケンスを行った。全ゲノムシーケンスでは膨大な数の変異が検出されるため、患者の表現型によりターゲット遺伝子が数個に絞られるような場合を除き、患者のみ全ゲノムシーケンスを行うシングル解析では変異候補の絞り込みが難しい。そのため特に解析が難しいと予想される患者についてはトリオ解析が望ましく、今年度は1名の患者のトリオ解析（患児、父、母）を行っている。現在ゲノム上の重要領域等の情報を参考に解析中である。さらにゲノム複雑構造変異を検出するための解析プログラム、Mantaによる解析も進めている。今年度の解析では現在1名の患者にて患者の表現型と関連する遺伝子のイントロン領域にレア変異が検出されており、家族解析を施行中である。患者の症状から優性遺伝形式の疾患発症が想定されるため、上述した候補変異が家族解析にて新生変異であることがわかれば、疾患の原因変異の可能性がある。必要に応じ機能解析を行い、変異の効果・発症メカニズムの解明を試みる。

Current Status of Research Progress

3: Progress in research has been slightly delayed.

Reason

コロナ禍等により解析に全体的な遅れを生じたが、今年度は6名の全ゲノムシーケンスを行った。現在データ解析を進めているところである。うち1名については患者の表現型と関連する遺伝子のイントロン領域にレア変異が検出され、現在家族解析を施行中である。患者の症状から優性遺伝形式の疾患発症が想定されるため、上述した候補変異が家族解析にて新生変異であることがわかれば、疾患の原因変異の可能性がある。イントロン領域での変異による発症メカニズムの解明のため、必要に応じ機能解析を行う予定である。

Strategy for Future Research Activity

全ゲノムシーケンスを行った６名について解析を進め、機能解析の必要があれば積極的に進める。また今後新たな患者の全ゲノムシーケンス解析を行い、全エクソームシーケンスでは解析できない領域に注目しながら解析を進めていく予定である。

Causes of Carryover

コロナ禍等により解析に全体的な遅れを生じたため研究の延長を申請した。そのため全ゲノムシーケンスの予算の一部を次年度の研究費として使用する。