Diagnostic challenge using new methods in exome-negative patients

2021 Fiscal Year Annual Research Report

• Project/Area Number: 18K07864
• Research Institution: Kanagawa Children's Medical Center (Clinical Research Institute)
• Principal Investigator: 榎本 友美 地方独立行政法人神奈川県立病院機構神奈川県立こども医療センター(臨床研究所), 臨床研究所, 研究員 (20506290)
• Project Period (FY): 2018-04-01 – 2022-03-31
• Keywords: イントロン変異 / トランスポゾン挿入変異 / 全ゲノムシーケンス / 先天性疾患

Outline of Annual Research Achievements

本研究ではこれまでに行った解析（エクソームシーケンス解析、染色体検査、CGHマイクロアレイ解析等）において疾患原因変異がみつかっていない患者の変異の探索を行っている。今年度も昨年度に引き続き全ゲノムシーケンスをベースとした解析を行った。全ゲノムシーケンス解析では、イントロン等のエクソン外領域変異、トランスポゾン挿入変異、複雑構造異常変異等、通常のエクソームシーケンス解析では検出できない変異が見つかる可能性がある。しかしながら全ゲノムシーケンスでは膨大な数の変異が検出されるため、ターゲット遺伝子がある程度絞られていないと実際の解析は難しい。そこで昨年～今年度は下記の条件をみたす患者を優先し全ゲノムシーケンス解析を行っている。
①臨床的診断がほぼ確定している優性疾患に罹患し、かつ罹患疾患の原因遺伝子が１～数個に絞られる患者。
②臨床的診断がほぼ確定している劣性疾患に罹患し、これまでの解析で原因遺伝子の片アレルに原因変異がみつかっているが、もう片アレルの変異がみつかっていない患者。
今年度は患者3名のシングル全ゲノムシーケンスと1名のトリオ全ゲノムシーケンス（患児、父、母）を施行しデータ解析を行った。また昨年度1名の患者にみつかったdeepイントロン領域の変異について、サンガーシーケンスによる家族解析を行った。結果新生変異であったため、さらに患者のRNAを用いて変異周辺領域をターゲットとしたRT-PCRを行った。その結果、正常検体ではみられない異常転写産物が検出され、異常転写産物のシーケンスを行ったところ新生変異によるスプライシング異常が起こっていることがわかった。患者の症状とも矛盾なく疾患の原因変異と考えられる。現在論文を準備中である。

Research Products

• [Journal Article] Divergent variant patterns among 19 patients with Rubinstein-Taybi syndrome uncovered by comprehensive genetic analysis including whole genome sequencing (2022)
  • Author(s): Enomoto Y, Yokoi T, Tsurusaki Y, Murakami H, Tominaga M, Minatogawa M, Abe-Hatano C, Kuroda Y, Ohashi I, Ida K, Shiiya S, Kumaki T, Naruto T, Mitsui J, Harada N, Kido Y, Kurosawa K
  • Journal Title: Clinical Genetics Volume: 101 Pages: 335-345
  • DOI: 10.1111/cge.14103
  • Peer Reviewed