2018 Fiscal Year Research-status Report
Molecular classification of biliary cancer by transcriptome analysis of FFPE specimens
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18K07956
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| Research Institution | National Cancer Center Japan |
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Principal Investigator |
新井 康仁 国立研究開発法人国立がん研究センター, 研究所, 主任研究員 (80222727)
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| Project Period (FY) |
2018-04-01 – 2021-03-31
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| Keywords | 胆道がん / トランスクリプトーム / 分子診断 / 分子標的 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
本研究は、診療時に採取された腫瘍FFPE検体の残余を用いてRNAシークエンス解析を行なって臨床病理学的、分子生物学的特徴を明らかにし、胆道がんの個別化診断を開発して分子標的や免疫療法のアンブレラ型臨床試験開発に結びつけることが目標である。
本年度は、ホルマリン固定(FFPE)標本を用いた微量RNAシークエンス解析系の構築を行なった。手術凍結標本4例について、凍結標本からの高純度RNAの抽出と共にFFPE標本からFFPE-RNAを抽出し、高純度RNAではpolyA-RNAを用いた全RNAシークエンス、FFPE-RNAでは21,000と1,300遺伝子のcDNAキャプチャーによるターゲットRNAシークエンスを行なって遺伝子発現値の比較を行なった。これにより、cDNAキャプチャー法ではFFPE検体と凍結検体の遺伝子発現値の強い相関を認めた(R=0.66～0.81)。また、30検体の針生検FFPE標本から微量RNAの抽出を進めた。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
針生検FFPE標本からの微量RNAの抽出の検討とFFPE-RNAのターゲットRNAシークエンス法の評価を完了することが出来た。
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| Strategy for Future Research Activity |
これまでの研究計画に変更はない。
診療時採取の腫瘍FFPE検体残余を用いた前向き研究によって、3年間で120症例の進行性胆道がんのサンプルを得る。FFPE検体からRNAを抽出し、RNAシークエンス解読を行なって遺伝子発現異常の解析同定を進める。
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| Causes of Carryover |
繰り越しは核酸定量が未了な分の試薬費である。次年度速やかに定量を進める予定である。
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Research Products
(4 results)
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[Journal Article] A computational tool to detect DNA alterations tailored to formalin-fixed paraffin-embedded samples in cancer clinical sequencing2018
Author(s)
Kato M, Nakamura H, Nagai M, Kubo T, Elzawahry A, Totoki Y, Tanabe Y, Furukawa E, Miyamoto J, Sakamoto H, Matsumoto S, Sunami K, Arai Y, Suzuki Y, Yoshida T, Tsuchihara K, Tamura K, Yamamoto N, Ichikawa H, Kohno T and Shibata T
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Journal Title
Genome Medicine
Volume: 10
Pages: 44
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] Epigenetic landscape influences the liver cancer genome architecture2018
Author(s)
Natsuko Hama, Yasushi Totoki, Fumihito Miura, Kenji Tatsuno, Mihoko Saito-Adachi, Hiromi Nakamura, Yasuhito Arai, Fumie Hosoda, Tomoko Urushidate, Shoko Ohashi, Wakako Mukai, Nobuyoshi Hiraoka, Hiroyuki Aburatani , Takashi Ito and Tatsuhiro Shibata
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Journal Title
Nature Communications
Volume: 9
Pages: 1643
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] Integrated genetic and epigenetic analysis of myxofibrosarcoma2018
Author(s)
Koichi Ogura, Fumie Hosoda, Yasuhito Arai, Hiromi Nakamura, Natsuko Hama, Yasushi Totoki, Akihiko Yoshida, Momoko Nagai, Mamoru Kato, Erika Arakawa, Wakako Mukai, Hirofumi Rokutan, Akira Kawai, Sakae Tanaka and Tatsuhiro Shibata
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Journal Title
Nature Communications
Volume: 9
Pages: 2765
DOI
Peer Reviewed
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