Molecular classification of biliary cancer by transcriptome analysis of FFPE specimens

2019 Fiscal Year Research-status Report

• Project/Area Number: 18K07956
• Research Institution: National Cancer Center Japan
• Principal Investigator: 新井 康仁 国立研究開発法人国立がん研究センター, 研究所, 主任研究員 (80222727)
• Project Period (FY): 2018-04-01 – 2021-03-31
• Keywords: 胆道がん / トランスクリプトーム / 分子診断 / 分子標的 / FGFR2

Outline of Annual Research Achievements

本研究は、バイオプシーや外科手術において診療時に採取された腫瘍ホルマリン固定(FFPE)標本の残余を用いてRNAシークエンス解析を行なって臨床病理学的、分子生物学的特徴を明らかにし、胆道がんの個別化診断を開発して分子標的や免疫療法のアンブレラ型臨床試験開発に結びつけることが目標である。
前年度の予備実験によるRNA抽出を踏まえて、本年度は針生検や外科手術からの215症例のFFPE標本からtotal RNAの抽出を進めた。用いたFFPE標本は、4um厚切片の1もしくは2枚である。215例中の199例 (92.6%) からは30ng以上のRNAが抽出できた。50検体のRNAについては、FGFR2, KRAS, IDH1を含む1385遺伝子のcDNAキャプチャー法によるターゲットRNAシークエンスを進めた。シークエンスデータの解析を進めた結果、FGFR2融合遺伝子の発現やKRAS, IDH1の変異遺伝子の発現を検出することが出来た。

Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

FFPE切片からのRNA抽出を安定的に行なうことは難しいが、約200症例からのRNA抽出が完了したため。

Strategy for Future Research Activity

これまでの研究計画に変更はない。
診療時採取の腫瘍FFPE検体残余を用いた前向き研究によって、3年間で120症例以上の進行性胆道がんのサンプルを得る。FFPE検体からRNAを抽出し、RNAシークエンス解読を行なって遺伝子発現異常の解析同定を進める。

Causes of Carryover

差額2,376円はPCR primerの合成に用いるもので、本年度すぐに使用する予定である。

Research Products

• [Journal Article] The potential application of PD-1 blockade therapy for early-stage biliary tract cancer. (2020)
  • Author(s): Umemoto K, Togashi Y, Arai Y, Nakamura H, Takahashi S, Tanegashima T, Kato M, Nishikawa T, Sugiyama D, Kojima M, Gotohda N, Kuwata T, Ikeda M, Shibata T, Nishikawa H.
  • Journal Title: International Immunology Volume: 32 Pages: 273
  • DOI: 10.1093/intimm/dxz080
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] Expanding the clinicopathologic and molecular spectrum of BCOR-associated sarcomas in adults. (2020)
  • Author(s): Yoshida A, Arai Y, Hama N, Chikuta H, Bando Y, Nakano S, Kobayashi E, Shibahara J, Fukuhara H, Komiyama M, Watanabe SI, Tamura K, Kawai A, Shibata T.
  • Journal Title: Histopathology Volume: 76 Pages: 509-520
  • DOI: 10.1111/his.14023
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Sarcoma with MGA-NUTM1 fusion in the lung: an emerging entity. (2020)
  • Author(s): Goto T, Arai Y, Shibata T, Oyama T, Yoshida A.
  • Journal Title: Virchows Archiv Volume: 476 Pages: 317-322
  • DOI: 10.1007/s00428-019-02623-8
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] KMT2A (MLL) fusions in aggressive sarcomas in young adults. (2019)
  • Author(s): Yoshida A, Arai Y, Tanzawa Y, Wakai S, Hama N, Kawai A, Shibata T.
  • Journal Title: Histopathology Volume: 75 Pages: 508-516
  • DOI: 10.1111/his.13926
  • Peer Reviewed
• [Presentation] Frequency and clinicopathological characteristics of biliary tract carcinomas harboring the FGFR2-fusion gene: a prospective observational study (PRELUDE study). (2019)
  • Author(s): M. Ikeda, Y. Maruki, M. Ueno, T. Ioka, A. Naganuma, M. Furukawa, N. Mizuno, T. Uwagawa, Y. Nakai, M. Kanai, A. Asagi, S. Shimizu, A. Miyamoto, S. Yukisawa, M. Kadokura, T. Yamanaka, Y. Arai, T. Shibata, C. Morizane, T. Okusaka.
  • Organizer: ESMO
  • Int'l Joint Research