• Search Research Projects
  • Search Researchers
  • How to Use
  1. Back to project page

2018 Fiscal Year Research-status Report

Cellular deconvolution analysis of hepatocellular carcinoma based on the systemic epigenomic profiles

Research Project

Project/Area Number 18K07963
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

永江 玄太  東京大学, 先端科学技術研究センター, 講師 (10587348)

Project Period (FY) 2018-04-01 – 2021-03-31
Keywords肝癌 / DNAメチル化 / 微小環境
Outline of Annual Research Achievements

本研究の目的は、肝癌臨床組織を構成する癌細胞および非癌細胞の組成比率を系統的エピゲノム情報を用いて明らかにし、癌微小環境の病態理解や癌免疫治療の戦略を考える上での基盤的解析手法を確立することにある。ここ数年、癌組織に浸潤する免疫細胞集団を定量すべく遺伝子発現情報を用いた様々な予測手法が提案されてきたが、依然精度が十分とはいえない。そこで、化学的に安定な修飾であり、かつ細胞系譜に特異的に変化するDNAメチル化情報を用いた高精度な推定法を確立し、この手法を肝癌臨床組織に応用する。具体的には、以下の項目について明らかにすることを目的とする。
①肝癌臨床組織に含まれる非癌細胞の各種細胞構成比率と癌細胞の純粋なメチル化情報
②肝癌組織微小環境における免疫プロファイルと、癌細胞での遺伝子異常との関連性
③癌細胞含有率の少ない癌臨床組織への応用可能性

初年度の目標は、肝癌組織の構成細胞比率定量法の確立とした。癌組織における腫瘍細胞のみの含有率を推定する方法は、ゲノム変異解析の変異アリル頻度を用いる手法がいくつか確立されている。DNAメチル化情報を利用した腫瘍含有率推定も提案はされているが、精度が十分でないため、本研究課題では推定に有用な独自のプローブ選択を行い、精度の向上を図った。各種細胞特異的なメチル化領域を抽出を行い、これを用いた細胞の構成比率の予測を行った。ゲノム変異解析におけるアリル頻度比から推定した癌細胞の含有率との比較検討も行った。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

初年度の目標は、肝癌組織の構成細胞比率定量法の確立とした。癌組織における腫瘍細胞のみの含有率を推定する方法は、ゲノム変異解析の変異アリル頻度を用いる手法がいくつか確立されている。DNAメチル化情報を利用した腫瘍含有率推定も提案はされているが、精度が十分でないため、本研究課題では推定に有用な独自のプローブ選択を行い、精度の向上を図った。各種細胞特異的なメチル化領域を抽出を行い、これを用いた細胞の構成比率の予測を行った。ゲノム変異解析におけるアリル頻度比から推定した癌細胞の含有率との比較検討も行った。

Strategy for Future Research Activity

血管内皮細胞、繊維芽細胞、血球細胞(好中球、Tリンパ球、Bリンパ球、好酸球、マクロファージなど)のプロファイルは取得済みであるが、より頻度の低いレアポピュレーションの予測を行う上ではさらなる精度の向上が必要である。
臨床組織における検証では、一細胞発現解析の結果とも比較検討を行う予定である。

Causes of Carryover

初年度は次年度で行う実験系の準備のためのデータ解析を優先し、細胞生物学的実験に必要な消耗品費用を次年度に使用する予定とした。

  • Research Products

    (6 results)

All 2019 2018

All Journal Article (5 results) Presentation (1 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Invited: 1 results)

  • [Journal Article] DNA demethylation is associated with malignant progression of lower-grade gliomas2019

    • Author(s)
      Nomura Masashi、Saito Kuniaki、Aihara Koki、Nagae Genta、Yamamoto Shogo、Tatsuno Kenji、Ueda Hiroki、Fukuda Shiro、Umeda Takayoshi、Tanaka Shota、…、Narita Yoshitaka、Nagane Motoo、Nishikawa Ryo、Ueki Keisuke、Saito Nobuhito、Aburatani Hiroyuki、Mukasa Akitake
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 9 Pages: 1903~1903

    • DOI

      10.1038/s41598-019-38510-0

  • [Journal Article] Differential regulation of CpG island methylation within divergent and unidirectional promoters in colorectal cancer2019

    • Author(s)
      Namba Shinichi、Sato Kazuhito、Kojima Shinya、Ueno Toshihide、Yamamoto Yoko、Tanaka Yosuke、Inoue Satoshi、Nagae Genta、Iinuma Hisae、Hazama Shoichi、Ishihara Soichiro、Aburatani Hiroyuki、Mano Hiroyuki、Kawazu Masahito
    • Journal Title

      Cancer Science

      Volume: 110 Pages: 1096~1104

    • DOI

      10.1111/cas.13937

  • [Journal Article] Transduced caudal-type homeobox (CDX) 2/CDX1 can induce growth inhibition on CDX-deficient gastric cancer by rapid intestinal differentiation2018

    • Author(s)
      Nakayama Chiemi、Yamamichi Nobutake、Tomida Shuta、Takahashi Yu、Kageyama-Yahara Natsuko、Sakurai Kouhei、Takeuchi Chihiro、Inada Ken-ichi、Shiogama Kazuya、Nagae Genta、Ono Satoshi、Tsuji Yosuke、Niimi Keiko、Fujishiro Mitsuhiro、Aburatani Hiroyuki、Tsutsumi Yutaka、Koike Kazuhiko
    • Journal Title

      Cancer Science

      Volume: 109 Pages: 3853~3864

    • DOI

      10.1111/cas.13821

  • [Journal Article] Fusion Kinases Identified by Genomic Analyses of Sporadic Microsatellite Instability?High Colorectal Cancers2018

    • Author(s)
      Sato Kazuhito、Kawazu Masahito、Yamamoto Yoko、Ueno Toshihide、Kojima Shinya、Nagae Genta、Abe Hiroyuki、Soda Manabu、Oga Takafumi、Kohsaka Shinji、Sai Eirin、Yamashita Yoshihiro、Iinuma Hisae、Fukayama Masashi、Aburatani Hiroyuki、Watanabe Toshiaki、Mano Hiroyuki
    • Journal Title

      Clinical Cancer Research

      Volume: 25 Pages: 378~389

    • DOI

      10.1158/1078-0432.CCR-18-1574

  • [Journal Article] Integrated molecular profiling of juvenile myelomonocytic leukemia2018

    • Author(s)
      Murakami Norihiro、Okuno Yusuke、Yoshida Kenichi、Shiraishi Yuichi、Nagae Genta、Suzuki Kyogo、Narita Atsushi、Sakaguchi Hirotoshi、Kawashima Nozomu、…、Aburatani Hiroyuki、Mano Hiroyuki、Miyano Satoru、Ogawa Seishi、Takahashi Yoshiyuki、Muramatsu Hideki
    • Journal Title

      Blood

      Volume: 131 Pages: 1576~1586

    • DOI

      10.1182/blood-2017-07-798157

  • [Presentation] Feasibility and clinical usefulness of detecting aberrant methylation in cell-free DNA2018

    • Author(s)
      Genta Nagae, Satoshi Ohta, Takayoshi Umeda, Yutaka Midorikawa, Hiroyuki Aburatani
    • Organizer
      The 76th Annual Meeting of the Japanese Cancer Association
    • Int'l Joint Research / Invited

URL: 

Published: 2019-12-27  

Information User Guide FAQ News Terms of Use Attribution of KAKENHI

Powered by NII kakenhi