2020 Fiscal Year Annual Research Report
High sensitive and comprehensive liquid biopsy by digital NGS
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18K07999
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| Research Institution | University of Yamanashi |
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Principal Investigator |
高野 伸一 山梨大学, 大学院総合研究部, 講師 (80377506)
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| Project Period (FY) |
2018-04-01 – 2021-03-31
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| Keywords | ct DNA / 次世代シークエンス / 分子バーコード / 膵癌 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
近年盛んに行われている体液生検法(リキッドバイオプシー)は、組織の採取なく低侵襲に腫瘍の遺伝子診断を実現することを目指している。しかしながら、体液生検法の感度は改善しつつあるものの少数の遺伝子変異を検出するにとどまっており、また、希少変異はSequence errorなどによるノイズの区別が困難なことも多く、網羅性と正確性を兼ね備えた技術革新が望まれる。本研究では予後不良な消化器癌患者の個別化医療や、膵管内乳頭粘液性腫瘍(IPMN)など膵癌の前癌病変の良悪性診断を目指し、血液や膵液検体からの希少な変異を高精度・高感度かつ網羅的に検出可能な、分子バーコード併用次世代シークエンス(デジタルPCR)による新しい体液生検法(リキッドバイオプシー)の開発・確立を行う。方法として、EUS-FNA検体の網羅的遺伝子解析施行済みの膵癌58症例のうち、KRASメジャー変異(G12D, G12V, G12R)を有していた45症例の血漿抽出cfDNAを対象とした(Stage I-III/IV = 16/29)。dPCRによりKRASのallele frequency(AF)>2%のcfDNAを用い、dNGSによる癌関連52遺伝子の網羅的解析を施行し、遺伝子異常に対応する分子標的薬の同定を試みたところ、分子バーコード併用次世代シークエンスによるリキッドバイオプシーにより、cfDNAの45% からKRAS変異を検出できた。また、分子バーコード(digital NGS)によりシークエンスエラーを大幅に軽減でき、変異のほかCNVsも検出でき、分子標的薬の治療標的探索に有用と考えられた。一方で、変異の検出感度は当初の予想より低く、デジタルPCRと比較すると劣る部分も見えてきた。コストはさらにかかるが、深いdepthを得ることやさらに多くのDNAを投入することで改善する可能性があり、今後の課題である。
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Research Products
(11 results)
