2019 Fiscal Year Research-status Report
CRISPR screening for identification of molecular targets of T/NK cell lymphomas
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18K08313
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| Research Institution | Hokkaido University |
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Principal Investigator |
中川 雅夫 北海道大学, 医学研究院, 助教 (80435859)
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2018-04-01 – 2021-03-31
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| Keywords | T/NK細胞リンパ腫 / CRISPRスクリーニング / 分子標的治療 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
（１）スクリーニング可能な細胞株の作成： 2018年度に完了済みである。
（２）CRISPRスクリーニングの実行： 2018年度のT/NK細胞リンパ腫細胞株5種類に加え、2019年度は更に3種類のT/NK細胞リンパ腫細胞株に対し、19,114遺伝子に対して76,441sgRNAが含まれたレンチウイルスsgRNAライブラリーを感染させ、28日間の継代培養を経た細胞からゲノムDNAを抽出した。感染直後の細胞からのゲノムDNA と共に、レンチウイルスゲノム配列に特異的なPCRプライマーを用いてsgRNA配列をPCR増幅したものを、次世代シークエンサーNEXTseq500でシークエンスした。感染直後と比較して28日間の継代培養の間に細胞数を有意に減少させたsgRNAを網羅的に同定し、治療標的候補遺伝子リストを作成した。本年度に新たに解析した３種類の細胞株の内、残念ながら１種類はスクリーニングが正しく機能していなかったが、残りの２種類では品質の良いスクリーニング結果が得られた。
（３）CRISPRスクリーニング結果の確認： (2)で得られた大規模スクリーニングデータセットから、各T/NK細胞リンパ腫病型に特徴的な治療標的遺伝子候補を同定した。この中の一部は確認実験をほぼ終了し、スクリーニングデータの正確性を確認できている。治療標的遺伝子候補の中には他疾患に対する治療薬として保険適応となっている薬剤の標的分子が含まれていたことから、当該薬剤に対するT/NK細胞リンパ腫細胞株の感受性を分析し、論文発表へ向けて実験結果を集積している。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
2018年度で研究１項目は完了し、2019年度は研究２項目の完了と研究３項目に進展しており、進捗状況は順調である。現在T/NK細胞リンパ腫の一病型に特徴的な治療標的遺伝子について、論文発表に必要な実験結果を集積している。また、本研究から派生した米国Fox Chase Cancer Centerとの共同研究において、2019年度に論文発表を行った（Blood, 132:171-185, 2019. Co-corresponding author）。
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| Strategy for Future Research Activity |
スクリーニング段階は終了し、このデータセットを元に病型ごとに特徴的な分子標的の解析を進める。本年度はT/NK細胞リンパ腫の一病型に特徴的な治療標的遺伝子について、論文発表を目指す。
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Research Products
(8 results)
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[Journal Article] A novel model of controlling PD-L1 expression in ALK+ Anaplastic Large Cell Lymphoma2019
Author(s)
Zhang, JP., Song, Z., Wang, HB., Lang, L., Yang YZ., Xiao, W., Webster, DE., Wei, W., Barta, SK., Kadin, ME., Staudt, LM., Nakagawa, M., and Yang, Y.
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Journal Title
Blood
Volume: 132
Pages: 171-185
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] Ocular instillation of vitamin A-coupled liposomes containing HSP47 siRNA ameliorates dry eye syndrome in chronic GVHD.2019
Author(s)
Ohigashi, H., Hashimoto, D., Hayase, E., Takahashi, S., Ara, T., Yamakawa, T., Sugita, J., Onozawa, M., Nakagawa, M., Teshima, T.
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Journal Title
Blood Adv.
Volume: 3
Pages: 1003-1010
DOI
Peer Reviewed
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[Presentation] Genome-Wide CRISPR Library Screening Identifies CDK6 As Genetic Vulnerability in Adult T-Cell Leukemia/Lymphoma.2019
Author(s)
Takashi Ishio, Joji Shimono, Sarvesh Kumar, Yuquan Lin, Emmanuel Bachy, Michael N. Petrus, Yandan Yang, Michiyuki Maeda, Hideki Goto, Hashino Satoshi, Takanori Teshima, Thomas A. Waldmann, Louis M. Staudt, and Masao Nakagawa
Organizer
61st ASH Annual Meeting
Int'l Joint Research
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