2020 Fiscal Year Annual Research Report
CRISPR screening for identification of molecular targets of T/NK cell lymphomas
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18K08313
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| Research Institution | Hokkaido University |
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Principal Investigator |
中川 雅夫 北海道大学, 医学研究院, 助教 (80435859)
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| Project Period (FY) |
2018-04-01 – 2021-03-31
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| Keywords | T/NK細胞リンパ腫 / ATLL / CRISPR |
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| Outline of Annual Research Achievements |
（１）スクリーニング可能な細胞株の作成： 2018年度に完了済みである。
（２）CRISPRスクリーニングの実行： 2018-2019年度のT/NK細胞リンパ腫細胞株7種類に加え、2019年度は更に２種類のT/NK細胞リンパ腫細胞株に対し、19,114遺伝子に対して76,441sgRNAが含まれたレンチウイルスsgRNAライブラリーを感染させ、28日間の継代培養を経た細胞からゲノムDNAを抽出した。感染直後の細胞からのゲノムDNA と共に、レンチウイルスゲノム配列に特異的なPCRプライマーを用いてsgRNA配列をPCR増幅したものを、次世代シークエンサーNEXTseq500でシークエンスした。感染直後と比較して28日間の継代培養の間に細胞数を有意に減少させたsgRNAを網羅的に同定した。最終的にT/NK細胞リンパ腫細胞株９種類おいてCRISPRスクリーニングのデータセットを作成することができた。
（３）CRISPRスクリーニング結果の確認： (2)で得られた大規模スクリーニングデータセットから、各T/NK細胞リンパ腫病型に特徴的な治療標的遺伝子候補を同定した。この中の数遺伝子に関して検証実験を行い、どの遺伝子もノックアウトによりT/NK細胞リンパ腫細胞株の増殖・生存がそこなわれることを確認できた。これにより当研究の目的であるT/NK細胞リンパ腫の治療標的分子・分子シグナリングの包括的リストの作成を完遂できた。このリストには他疾患に対する治療薬として保険適応となっている薬剤の標的分子が含まれていた。T/NK細胞リンパ腫細胞株に対して当該薬剤処理を行うと、細胞周期停止およびアポトーシス増加を起こすことを見出した。さらに細胞株毎の当該薬剤感受性の差を詳細に分析し、その感受性のバイオマーカとなる遺伝子を見出すことに成功した。
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Research Products
(6 results)
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[Presentation] Genome-wide CRISPR screen identifies CDK6 and mTORC1 as a combinatorial therapeutic target in ATLL2020
Author(s)
Takashi Ishio, Sarvesh Kumar, Joji Shimono, Yuquan Lin, Emmanuel Bachy, Michael N. Petrus, Yandan Yang, Michiyuki Maeda, Hideki Goto, Satoshi Hashino, Takanori Teshima, Thomas A. Waldmann, Louis M. Staudt, Masao Nakagawa
Organizer
日本血液学会総会
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[Presentation] Genome-Wide Crispr Library Screening identifies genetic vulnerabilities and therapeutic targets in adult T-cell leukemia/lymphoma2020
Author(s)
Takashi Ishio, Sarvesh Kumar, Joji Shimono, Yuquan Lin, Emmanuel Bachy, Michael N. Petrus, Yandan Yang, Michiyuki Maeda, Hideki Goto, Satoshi Hashino, Takanori Teshima, Thomas A. Waldmann, Louis M. Staudt, Masao Nakagawa
Organizer
25th EHA Virtual
Int'l Joint Research
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