肝門部胆管癌におけるクリニカルシークエンスパネルを用いたゲノム解析とその応用

2018 Fiscal Year Research-status Report

• Project/Area Number: 18K08552
• Research Institution: Keio University
• Principal Investigator: 阿部 雄太 慶應義塾大学, 医学部(信濃町), 講師 (70327526)
• Project Period (FY): 2018-04-01 – 2021-03-31
• Keywords: 次世代シークエンサー / 遺伝子変異 / Precision medicine

Outline of Annual Research Achievements

胆管癌、特に肝門部胆管癌に対する根治的な治療法が手術であることに異論はなく、手術の標準化、術後管理の向上、徹底した術前シミュレーションなどにより短期成績は改善しているものの、腫瘍としての悪性度は非常に高く、依然十分な治療成績は得られていない。非切除例や術後再発例も多いが、薬物療法や放射線療法などの併用が期待に反し希少性から十分な新規治療法の開発は非常に遅れていると言わざるを得ない。そこで年間の肝門部胆管癌切除症例数が全国有数である当院にて癌組織の変異を次世代シークエンサーにて網羅的に解析し、治療法の確立に有用なデータを集積することを目的に検討を開始した。実際に肝門部胆管癌に対して根治手術を受けたおよそ100例の患者の検体からこれまで80例の切除検体パラフィン固定切片からgenetic DNAを抽出し、スライドからDNAを抽出後、対象とする遺伝子のみを補足して濃縮し、次世代シークエンサー（NGS）を用いて遺伝子配列を調べ、前出の約400種類の遺伝子における遺伝子変異（一塩基変異、挿入・欠失、融合遺伝子、コピー数増減）、 マイクロサテライト不安定性などを同定を試みた。当初の予定にくらべて安定したDNAを抽出できる確率が低いことがわかり、結果現在30例に対してDNA抽出が確認された。抽出には検体固定における様々な条件（固定年数、適切なホルマリン濃度、固定時間）が影響していることが考えられたため、2018年からの切除検体は良好な保存状態でありこれらから予定の検討を行うことを計画している

Current Status of Research Progress

3: Progress in research has been slightly delayed.

Reason

肝門部胆管癌に対して根治手術を受けたおよそ100例の患者の検体からこれまで80例の切除検体パラフィン固定切片からgenetic DNAを抽出し、スライドからDNAを抽出後、対象とする遺伝子のみを補足して濃縮し、次世代シークエンサー（NGS）を用いて遺伝子配列を調べ、前出の約400種類の遺伝子における遺伝子変異（一塩基変異、挿入・欠失、融合遺伝子、コピー数増減）、 マイクロサテライト不安定性などを同定を試みた。しかし当初の予定にくらべて安定したDNAを抽出できる確率が低いことがわかり、現在30例に対してDNA抽出が確認された。

Strategy for Future Research Activity

予想より難航したDNA抽出には検体固定における様々な条件（固定年数、適切なホルマリン濃度、固定時間）が影響していることが考えられたため、2018年からの切除検体は良好な保存状態でありこれらから予定の検討を行うことを計画している。また他癌腫でDNA抽出後の解析プロセスがある一定の結果得つつあるためこれらを踏襲する形で研究を推進させる予定である。

Causes of Carryover

今年度分は概ね順調に使用したが、実験計画に一部滞りがあったため次年度の成果に合わせて次年度分とともに諸経費とする予定である