2020 Fiscal Year Annual Research Report
Optimization of the RNAseq analytsis to identify valuable variation of the breast cancer
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18K08564
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| Research Institution | University of Tsukuba |
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Principal Investigator |
坂東 裕子 筑波大学, 医学医療系, 准教授 (00400680)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
野口 恵美子 筑波大学, 医学医療系, 教授 (40344882)
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| Project Period (FY) |
2018-04-01 – 2021-03-31
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| Keywords | ネオアンチゲン / 乳癌 / RNAシークエンス / 全エクソンシークエンス / バイオインフォマティックス |
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| Outline of Annual Research Achievements |
背景：ネオアンチゲンは免疫原性の高い抗原として注目を集めているが、その予測は偽陽性率が依然として高く、コスト面でも課題が残る。本研究では遺伝子発現情報のみならず塩基配列情報も有するRNA-seqの特性に着目し、WESデータの代わりにRNA-seqを用いたネオアンチゲン予測を検討した。
方法：乳癌患者6名を対象とし乳癌組織と正常検体のWES・RNA-seqデータを用いて次の3通りの手法でネオアンチゲン予測を行った：(1)腫瘍と正常共にWESデータを用いる従来の手法、(2)腫瘍と正常共にRNA-seqデータを用いる手法、(3)腫瘍のRNA-seqデータと正常のWESデータを組み合わせる手法。
結果：正常・腫瘍ともに手法(2)では解析結果は正常組織における転写産物の発現状況に大きく依存し、偽陽性率・偽陰性率ともに高いことが明らかとなった。手法(3)では、従来の手法(1)で検出されたネオアンチゲン候補のうち86％は検出ができなかったが、これらの大部分は腫瘍組織に変異転写産物が存在しないものだった。一方、遺伝子発現量が高く、変異転写産物が十分あるネオアンチゲン候補に関しては、68％を手法(3)で同定することができた。また手法(3)のネオアンチゲン候補の中には、新規RNA editing siteや真の体細胞変異である可能性が高いものも含まれていた。
考察：発現量・変異転写産物が十分あるネオアンチゲン候補に関しては手法(3)でも同定することができ、かつ従来法では検出できなかった新規RNA editing siteなどによるネオアンチゲン候補も検出できる可能性が示唆された。腫瘍部のWESを省略することでコストを抑えることもできるため、腫瘍のRNA-seqデータと正常のWESデータを組み合わせる手法は従来法に代わる効率的かつcost-effectiveなネオアンチゲン予測手法であると考える。
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