網羅的エピゲノム・トランスクリプトーム解析による肝炎治癒後肝発癌機序の解明

2019 Fiscal Year Research-status Report

• Project/Area Number: 18K08722
• Research Institution: National Hospital Organization, Kyushu Cancer Center
• Principal Investigator: 杉町 圭史 独立行政法人国立病院機構(九州がんセンター臨床研究センター), その他部局等, 肝胆膵外科医長 (90452763)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 井口 友宏 独立行政法人国立病院機構(九州がんセンター臨床研究センター), その他部局等, 肝胆膵外科医師 (30598959) ; 三森 功士 九州大学, 大学病院, 教授 (50322748) ; 吉住 朋晴 九州大学, 医学研究院, 准教授 (80363373)
• Project Period (FY): 2018-04-01 – 2021-03-31
• Keywords: 肝細胞癌 / ウイルス学的著効 / メチル化 / RNAシークエンス

Outline of Annual Research Achievements

C 型肝炎ウイルス治療後の肝癌発生の分子機序を解明することを目指して研究を継続した。肝細胞癌に対する肝切除手術を行った42症例について、切除標本の癌部、非癌部の新鮮凍結標本を採取し, 各症例の凍結組織よりそれぞれゲノムDNA と全RNA を抽出し精製した。これらのサンプルよりPBAT(全ゲノムメチル化シークエンス)とRNAシークエンスを行った。切除標本の解析と並行して、肝癌培養細胞における解析を完了した。2株の肝癌培養細胞をバイサルファイト処理し、universalに脱メチル化処理し、それぞれRNAシークエンスを行った。臨床検体の結果と培養細胞の結果をin silicoで統合的に解析を進めており、C型肝炎治癒後に発症する肝癌に特異的な遺伝子異常を同定する。またその結果をvalidationするための症例より切除標本と末梢血液のサンプリングも行っている。

Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

臨床検体と培養細胞株について想定通りにサンプリングと解析が進んでいる。

Strategy for Future Research Activity

２年間の研究で解析したPBAT(post-bisulfate adaptor-tagging)法を用いた網羅的DNAメチル化シークエンシングとmRNAシークエンシング(RNAseq)の結果を統合解析する予定である。そこで同定された遺伝子異常について臨床検体でvalidationを行い３年間の研究計画を完了する予定である。

Causes of Carryover

RNAシークエンスのためのサンプリングが一部間に合わなかったため解析費用が次年度使用となった。