2018 Fiscal Year Research-status Report
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18K08840
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| Research Institution | Mie University |
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Principal Investigator |
境 倫宏 三重大学, 医学部附属病院, 准教授 (10448681)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
亀井 政孝 三重大学, 医学部附属病院, 教授 (60443503)
浜本 隆二 国立研究開発法人国立がん研究センター, 研究所, 分野長 (80321800)
島岡 要 三重大学, 医学系研究科, 教授 (40281133)
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| Project Period (FY) |
2018-04-01 – 2021-03-31
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| Keywords | 敗血症 / 血小板 / 環状RNA |
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| Outline of Annual Research Achievements |
全血より密度勾配遠心法を用いて血小板濃厚液抽出プロトコールを実施し、血球成分の混入の程度を評価した。抽出プロトコールの最適化について、まだ検討が必要な状況である。密度勾配遠心法の条件検討と同時に、抽出された血小板からRNA抽出を行い、RNAのクオリティーチェック、そしてRNA配列解析が可能かどうかを検討している。
環状RNAの同定は、バックドロップジャンクションと呼ばれる、環状構造特異的な配列を同定することで行うことができる。世界的に複数種類の環状RNAデータベースが存在しているため、どのデータベースを用いるかを検討し決定していく。
血球成分の混入も完全にゼロにすることはできないと考えられるため、血球成分の環状RNA情報もデータベース化し、バイオインフォマティクスの手法を用いて血小板特異的環状RNAの同定を試みている。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
臨床で用いる血小板濃厚液抽出プロトコールでは血球成分の混入の影響が無視できないことから、抽出プロトコールの最適化を行うと同時に、血球成分の環状RNAの解析も行い、バイオインフォマティクスの手法を組み合わせて血小板特異的環状RNAの同定を行う必要が出てくる可能性がある。
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| Strategy for Future Research Activity |
全血からの血小板抽出プロトコールを確立し、血小板内のゲノム情報配列解析を行う。配列情報より環状RNAの存在を同定し、血小板内環状RNAプロファイルを作成する。敗血症患者で解析すべき環状RNAの選択を行い、その検出のためのバックドロップジャンクション特異的PCRプライマーの設計とPCRの条件検討を行っていく。環状RNAについては人工合成を試み、環状RNAによる免疫惹起反応の検討を細胞レベルで行っていく。
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| Causes of Carryover |
環状RNAのバイオインフォマティクスのコストとして、1検体60～90万円と見積もられており、複数の検体（目標20症例）を達成するための条件交渉を行っている最中であるため。
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