骨軟部腫瘍における転移診断バイオマーカーの同定と治療応用可能な融合遺伝子の探索

2018 Fiscal Year Research-status Report

• Project/Area Number: 18K09112
• Research Institution: Sapporo Medical University
• Principal Investigator: 濱田 修人 札幌医科大学, 医学部, 研究員 (90813626)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 江森 誠人 札幌医科大学, 医学部, 講師 (20580286) ; 塚原 智英 札幌医科大学, 医学部, 准教授 (20404634)
• Project Period (FY): 2018-04-01 – 2021-03-31
• Keywords: 軟部肉腫 / バイオマーカー

Outline of Annual Research Achievements

我々は骨軟部腫瘍における、融合型キナーゼのような癌化にも関連する融合遺伝子を同定し、転移診断、さらに新しい治療標的の確立を目指している。
中でも、これまで融合遺伝子が同定されていない類上皮肉腫における融合遺伝子の同定を行った。保存液にて保存している類上皮肉腫組織からRNAを抽出し、 次世代シークエンスを用いた融合遺伝子解析を行った。解析に用いた機器はイルミナ社cBOT, HiSeq2500を用いた。シークエンス解析は、イルミナ社指定のフローセルを使用しシークエンスを行った。Read lengthは101bpで、Paired-end, Multiplex法で行った。バイオインフォマティクス解析はリードデータのクオリティチチェック、クリーニングを行い、poly-A/T tailを除去しdeFuseとFusion Hunterを用いて融合遺伝子候補を予測した。deFuseで75融合遺伝子、Fusion Hunterで2融合遺伝子を同定した。これらの中で共通していたのは1融合遺伝子のみであった。この1融合遺伝子に関して、break pointを含む領域でRT-PCRにおいて真正性を確認を行ったが、目的となる遺伝子は検出できなかった。このため共通していない計75の融合遺伝子候補に関して、3つの類上皮肉腫細胞株を利用して、これら融合遺伝子候補の真正性の確認を進めて、融合遺伝子の同定を目指している。

Current Status of Research Progress

3: Progress in research has been slightly delayed.

Reason

治療標的になりうる軟部肉腫における融合遺伝子の同定は順調に進行しているが、プロテオミクス解析を用いて転移バイオマーカーを同定の実験が遅れている。

Strategy for Future Research Activity

今後候補融合遺伝子の真正性確認として、候補となる融合遺伝子の発現をRT- PCR法を用いて、数種の類上皮肉腫細胞株で確認する。さらに融合遺伝子の肉腫形成能の確認として、候補融合遺伝子を導入した3T3細胞を、ヌードマウスの皮下に移植し肉腫形成を確認する。プロテオミクス解析を用いて転移バイオマーカーを同定実験を進める。

Causes of Carryover

プロテオミクス解析を用いて転移バイオマーカーを同定実験が今年度は行えなかった。次年度に解析を予定している。