2019 Fiscal Year Research-status Report
次世代シーケンサーを用いた脂腺癌の遺伝子解析と発症メカニズムの解明
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18K09417
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| Research Institution | Kyoto Prefectural University of Medicine |
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Principal Investigator |
渡辺 彰英 京都府立医科大学, 医学(系)研究科(研究院), 助教 (80516188)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
福岡 秀記 京都府立医科大学, 医学(系)研究科(研究院), 助教 (00381963)
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| Project Period (FY) |
2018-04-01 – 2021-03-31
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| Keywords | DNA,RNA抽出 / 正常組織 / 腫瘍組織 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
本研究は①次世代シーケンサーを用いた脂腺癌の網羅的遺伝子解析、②臨床病型との照合、人種差の原因解明、③発癌、増殖及び転移に関わる細胞内伝達機構を明らかにし、予後予測および内科的治療法につなげることが目的である。
従来の報告による研究方法では、正常組織を含む腫瘍組織を、顕微鏡下で正常組織と腫瘍組織に分けて分離抽出作業を行っていたが、正確に正常組織と腫瘍組織を分離することが困難な症例や分離不可能の症例もあり、また、コンタミネーションにより信頼できる結果が得られないという可能性があった。我々は、脂腺癌症例で遊離瞼板移植を施行した症例について、健側の瞼板を得ることができるため、その余剰検体(健常側の瞼板)を保存している。正常組織である健側の瞼板を解析することで、完全にコンタミネーションのない正常組織と腫瘍組織の解析、および比較を行うことができる。
今年度は同一症例の正常組織、腫瘍組織の検体をすでに9例以上得ることができた。まずは正常組織、腫瘍組織の瞼板を破砕する行程から確立し、高精度に破砕を行うことが可能であった。
それらの検体からDNAおよびRNAの抽出を行い、品質検討を行った。その結果、同一症例の腫瘍細胞、正常組織共に、DNAとRNAのどちらも品質が良好であった症例を6症例抽出することが可能であった。さらに正常組織と腫瘍組織での遺伝子異常の検討を行う前の状況として、品質が良好であった6検体に関して次世代シーケンサー解析を行うことができた。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
脂腺癌症例の病側の脂腺癌部位より得られた腫瘍細胞、健側の同部位の瞼板から得られた正常組織より、RNAとDNAの抽出を試みた。抽出方法としてはトッケンSKミル200にて凍結破砕を行い、QIAGEN AllPrepTM DNA/RNA MiniにてそれぞれDNAとRNAを抽出した。抽出したDNAはQubit、Nanodropを用いて品質検定を行い、RNAはバイオアナライザーを用いて品質検定を行った。同一症例の腫瘍細胞、正常組織共に、DNAとRNAのどちらも品質が良好であった症例を6症例抽出することが可能であった。
総じて、今年度は品質の良いDNA,RNAの抽出が可能であったことから、進捗は順調であったといえる。
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| Strategy for Future Research Activity |
今後はRNAに対して施行したトランスクリプトーム解析の結果を検討していく予定である。同時にDNAに対し、全エクソーム解析も行い、同一症例の腫瘍部分の遺伝情報と正常部分の遺伝情報を得る。その比較をすることにより、腫瘍部分に特異的な遺伝子変異の検索を行っていく。その上でそれぞれの症例の臨床病型との照合を行い、臨床病型の違い、再発の有無、遠隔転移の有無により分類し、それぞれの臨床動態の違いに関与している遺伝子変異を明らかにする。
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| Causes of Carryover |
今年度は、腫瘍組織、正常組織から品質の良いDNA,RNAの抽出を行う研究を優先して行った。次年度に最も費用を要する次世代シーケンサーの解析を行うために、約100万円の次年度使用額が生じた。
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