2018 Fiscal Year Research-status Report
網膜格子状変性を対象とした分子遺伝学的発症機序の解明
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18K09453
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| Research Institution | Yokohama City University |
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Principal Investigator |
上本 理世 横浜市立大学, 附属病院, 講師 (40384044)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
目黒 明 横浜市立大学, 医学研究科, 特任准教授 (60508802)
水木 信久 横浜市立大学, 医学研究科, 教授 (90336579)
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| Project Period (FY) |
2018-04-01 – 2021-03-31
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| Keywords | 網膜格子状変性 / ゲノムワイド関連解析 / 全遺伝子発現解析 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
網膜格子状変性とは、眼球の赤道部から周辺部網膜において、鋸状縁と平行に走る紡錘形の境界不鮮明な菲薄化した網膜変性のことであり、外部衝撃や加齢により変性巣の周縁に網膜裂孔や網膜剥離を形成することもある。網膜格子状変性は複数の遺伝要因（疾患感受性遺伝子）が重なることにより発症する多因子性遺伝疾患であると考えられており、網膜格子状変性の疾患感受性遺伝子を同定することは疾患の適切な診断および早期の治療を可能とする。本研究では、網膜格子状変性を対象に、ゲノム全域を高密度に網羅するSNP（single nucleotide polymorphism：一塩基多型）を用いてゲノムワイド関連解析（genome-wide association study: GWAS）を実行する。その後、本GWASデータを、我々が既に保有しているゲノム全域を対象とした遺伝子発現（whole-genome gene expression：WGE）解析のデータに結合した包括的遺伝学的評価を実施し、網膜格子状変性の遺伝要因および発症パスウェイの網羅的な同定を試みる。
平成30年度は、日本人集団（網膜格子状変性患者510例、健常者1,586例）を対象にGWASジェノタイピング（約70万個のSNPs）を実行した。その後、GWASデータを対象としたimputationを実行し、ゲノム全域を高密度に網羅する500万個以上のSNPの遺伝子型情報の取得した。取得した500万個以上のSNPsについて、患者・健常者間の相関解析を実行し、網膜格子状変性患者におけるゲノム全域に渡るSNPの相関パターンを取得した。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
本研究では、網膜格子状変性の発症に関与する遺伝要因および発症パスウェイの網羅的な同定を行う。現在までに、日本人集団における網膜格子状変性のGWASを完了している。また、日本人集団300例を対象としたWGEデータ（ゲノム全域を対象とした遺伝子発現データ）を既に取得している。
以上より、本研究は当初の研究計画のとおり、「おおむね順調に進展している。」といえる。今後引き続き研究を進めることで、当初の目標を達成できると考えている。
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| Strategy for Future Research Activity |
今後、GWASデータとWGEデータを結合し、網膜格子状変性と相関する遺伝子の総合的評価を実行する。さらに、両データを対象としたパスウェイ解析を実行し、網膜格子状変性の発症に関与するパスウェイ（生物学的過程・経路）を特定する。
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