2019 Fiscal Year Research-status Report
スーパーエンハンサーによる転写制御の破綻と口腔扁平上皮癌進展機構の解明
| Project/Area Number |
18K09545
|
|---|
| Research Institution | Kamakura Women's University |
|---|
Principal Investigator |
櫻井 浩平 鎌倉女子大学, 家政学部, 准教授 (10608756)
|
|---|
| Project Period (FY) |
2018-04-01 – 2021-03-31
|
| Keywords | 口腔癌 / 扁平上皮癌 / 転写制御 / スーパーエンハンサー |
|---|
| Outline of Annual Research Achievements |
癌の進展を制御する重要な遺伝子は強力なエンハンサーの影響下に置かれると考えられている。そのようなエンハンサーはゲノムDNA上で近接してエンハンサー集団を形成することが近年明らかとなり、スーパーエンハンサーと呼ばれる。本研究では口腔扁平上皮癌細胞の増殖や転移に関与するスーパーエンハンサー領域を同定することを目指す。
研究初年度は他研究グループが公表しているマイクロアレイとTCGA（The Cancer Genome Atlas）RNA-seqを解析し、口腔癌の予後に関与する遺伝子群を抽出した。本年度は、口腔癌細胞株を用いて遺伝子網羅解析を行った。口腔癌細胞株（親株）とその高転移能亜株を手に入れ、mRNAマイクロアレイ（SurePrint G3 Human Gene Expression 8x60k v3 Microarray）を行った。その結果、2個の細胞間で発現変動（|FC| > 1.5、P値 < 0.05）しているmRNAは1182個であり、そのうち親株と比較して高転移能亜株で発現が上昇しているmRNAは743個であった。Metascapeを用いた解析の結果、この743個のmRNAには上皮間葉転換や転移に関与するmRNAが有意にenrichされていた。さらにIngenuity Pathway Analysis（IPA）を行ったところ、転移を誘導する遺伝子ネットワークが予想された。このネットワークを構成する遺伝子の一部には、研究初年度で明らかになった、予後に影響を与える遺伝子も含まれていた。またIPAによるRegulator EffectsではNF-kBが上流活性化因子である可能性が見出された。
|
| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
3: Progress in research has been slightly delayed.
Reason
年度途中で所属機関が変わり、研究環境の構築に時間を要した。
|
| Strategy for Future Research Activity |
初年度と本年度の解析から、口腔癌の転移と予後に関わる遺伝子を絞り込みつつある。この解析と並行してスーパーエンハンサー領域の同定のためのChIP-seqを行う。また上記の親株と高転移能亜株の形質を解析するために、当初の予定通り動物実験を開始する。
|
| Causes of Carryover |
ChIP-seqを行う予定であったが、研究所属機関の変更により本年度中に行うことが困難であった。親株と高転移能株を用いてBRD4、NF-kB、ヒストン（H3K27acなど）のクロマチン免疫沈降を行い、次世代シークエンサー解析で増殖や転移に関わるスーパーエンハンサー領域を同定する。
|
-
[Journal Article] Short-term Detection of Gastric Genotoxicity Using the DNA Double-Strand Break Marker γ-H2AX2019
Author(s)
Okabe A, Kiriyama Y, Suzuki S, Sakurai K, Teramoto A, Kato H, Naiki-Ito A, Tahara S, Takahashi S, Kuroda M, Sugioka A, Tsukamoto T.
-
Journal Title
Journal of Toxicological Pathology
Volume: 32
Pages: 91-99
DOI
Peer Reviewed / Int'l Joint Research
-
[Journal Article] An Epilepsy-Associated Glioneuronal Tumor With Mixed Morphology Harboring FGFR1 Mutation2019
Author(s)
Yamada S, Nobusawa S, Yamazaki T, Teranishi T, Watanabe S, Murayama K, Ohba S, Okabe A, Sakurai K, Urano M, Tsukamoto T, Yokoo H, Hirose Y, Abe M
-
Journal Title
Pathology International
Volume: 69
Pages: －
DOI
Peer Reviewed / Int'l Joint Research
-
-
