2018 Fiscal Year Research-status Report
日本列島における結核感染伝播の科学的可視化に関する研究
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18K09961
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| Research Institution | 公益財団法人結核予防会 結核研究所 |
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Principal Investigator |
村瀬 良朗 公益財団法人結核予防会 結核研究所, 抗酸菌部 細菌科, 研究員 (80535998)
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| Project Period (FY) |
2018-04-01 – 2021-03-31
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| Keywords | 結核 / 感染伝播様式 / 分子疫学 / 地理情報解析 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
本邦では、「結核に関する特定感染症予防指針」（厚労省）に従ってVNTR法を用いた結核菌分子疫学調査が各自治体の責任において実施されている。現在の調査実施体制は自治体単独ベースであり、自治体を越えた結核感染伝播を検出することが難しいという課題がある。また、VNTR法では不十分な菌株識別能を背景に疫学的関連性の無い株を誤って同一の株と判定する可能性が指摘されている。本研究では、結核菌ゲノム情報を用いて広域的に感染伝播を調査することの有用性を検討する。
本年度は、薬剤耐性結核菌株の地域内感染伝播動態について解析した。解析対象とした母集団は2010年、2011年に全国から収集された結核菌株981株である。母集団において薬剤耐性があり、かつ、VNTR情報から感染拡大が疑われたのは２集団であった。これらの菌株集団について全ゲノムデータを取得し、詳細な菌の異同判定を実施した。その結果、イソニアジド耐性菌株集団（n=14）はゲノム相同性が極めて高く(< 5 SNVs)、関東近隣4県における複数自治体に跨る感染拡大が生じていたことが強く推察された。一方、ストレプトマイシン耐性結核菌株集団（n=7）は遺伝学的距離が離れており、また、全国的に広く分布していたことから、各地域において定着した別クローンによる散発事例であったと考えられた。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
本年度は、本邦における薬剤耐性結核菌株の地域内感染伝播動態について詳しく解析を進めた。情報として、薬剤感受性試験結果、VNTR情報、ゲノム情報、菌株分離地に関する地理情報を収得して用いた。その結果、従来の結核対策制度では検出されていなかったイソニアジド耐性菌株による未知の集団感染疑い事例を検出することに成功した。その他の菌株に関するゲノム解析も当初の計画通り進めることができた。
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| Strategy for Future Research Activity |
現在の結核分子疫学調査ではVNTR法が標準的に用いられている。次年度以降は、従来のVNTR法に対する全ゲノム配列比較法の有用性を全国から収集した結核菌株を用いて評価する。さらに、ゲノム情報と地理情報に基づいた分析を実施し、結核感染伝播が生じうる地理的範囲についての解析を進める。
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| Causes of Carryover |
ゲノム情報解析に用いるソフトウェアを購入する予定であったが、オープンソース化されたプログラムにて代用したため繰越金が発生した。この繰越金を用い、次年度以降のゲノム解析数を増やす予定である。
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