Prediction of tuberculosis transmission in Japan by use of genotypic data

2020 Fiscal Year Annual Research Report

• Project/Area Number: 18K09961
• Research Institution: 公益財団法人結核予防会 結核研究所
• Principal Investigator: 村瀬 良朗 公益財団法人結核予防会 結核研究所, 抗酸菌部 結核菌情報科, 科長 (80535998)
• Project Period (FY): 2018-04-01 – 2021-03-31
• Keywords: 結核菌 / 分子疫学 / 遺伝子型別 / ゲノム解析 / VNTR

Outline of Annual Research Achievements

本研究では、日本全国から幅広く収集された結核菌株の菌ゲノム情報、遺伝子型別情報（VNTR情報）、分離地情報、患者情報を総合的に分析し、本邦における結核感染伝播推定に関わる以下２つの知見を得た。

1.結核分子疫学調査において標準的に用いられているVNTR法では、不十分な菌株識別能を背景として感染伝播を過剰に見積もる可能性が指摘されている。そこで、Walkerらの先行研究を参考に、ゲノム差異が5 SNVs以内の関係性を持つ株群を真の感染伝播由来株と仮定し、VNTR法による感染伝播推定精度を評価した。国内外で使用されているVNTR法でクラスターを形成した52%から76%の株は6 SNVs以上の関係性を示してお り、VNTRクラスターの半数以上が感染伝播を反映していない可能性が示唆された。
2. 菌ゲノム情報と分離地情報を用いて結核感染が生じた地理的範囲を推計した。疫学的接触が強く疑われる群(0-5 SNVs)は、そうではない群と比べて、有意に近距離で発生しており（ペアワイズで比較した株間の分離距離における中央値、40 km [0-5 SNVs] vs 293 km [13- SNVs]）、p<0.01、図2）、大半が200km以内で分離されていた。

これらの知見は将来の導入が期待される結核菌ゲノム分子疫学調査の基礎情報となり、結核対策の高精度化に活用される。

Research Products

• [Journal Article] A novel DNA chromatography method to discriminate Mycobacterium abscessus subspecies and macrolide susceptibility (2021)
  • Author(s): Yoshida Mitsunori、Sano Sotaro、Chien Jung-Yien、Fukano Hanako、Suzuki Masato、Asakura Takanori、Morimoto Kozo、Murase Yoshiro、Miyamoto Shigehiko、Kurashima Atsuyuki、Hasegawa Naoki、Hsueh Po-Ren、Mitarai Satoshi、Ato Manabu、Hoshino Yoshihiko
  • Journal Title: EBioMedicine Volume: 64 Pages: 103187～103187
  • DOI: 10.1016/j.ebiom.2020.103187
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] Myeloperoxidase anti-neutrophil cytoplasmic antibody-associated vasculitis with a unique imaging presentation of organizing pneumonia: A case report (2020)
  • Author(s): Takada Kazufumi、Miyamoto Atsushi、Nakahama Hiroshi、Moriguchi Shuhei、Takahashi Yui、Ogawa Kazumasa、Murase Kyoko、Hanada Shigeo、Morokawa Nasa、Kurosaki Atsuko、Fujii Takeshi、Hasegawa Eiko、Takaya Hisashi、Takai Daiya
  • Journal Title: Respiratory Medicine Case Reports Volume: 31 Pages: 101294～101294
  • DOI: 10.1016/j.rmcr.2020.101294
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] Mycobacterium Shinjukuense Pulmonary Disease Progressed to Pleuritis after Iatrogenic Pneumothorax: A Case Report (2020)
  • Author(s): Taoka Takashige、Shinohara Tsutomu、Hatakeyama Nobuo、Iwamura Sachiko、Murase Yoshiro、Mitarai Satoshi、Ogushi Fumitaka
  • Journal Title: Journal of Clinical Tuberculosis and Other Mycobacterial Diseases Volume: 19 Pages: 100160～100160
  • DOI: 10.1016/j.jctube.2020.100160
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Presentation] 結核感染伝播の数理的可視化とゲノム分子疫学調査の有用性評価 (2020)
  • Author(s): 村瀬良朗、森重雄太、青野昭男、近松絹代、山田博之、五十嵐ゆり子、高木明子、御手洗聡
  • Organizer: 第95回日本結核・非結核性抗酸菌症学会総会
• [Presentation] 本邦における結核菌遺伝子型別検査の外部精度評価成績 (2014-2019) (2020)
  • Author(s): 村瀬 良朗, 細谷 真紀子, 下村 佳子, 森重 雄太, 近松 絹代, 青野 昭男, 五十嵐 ゆり子, 山田 博之, 高木 明子, 御手洗 聡
  • Organizer: 第32回日本臨床微生物学会総会・学術集会
• [Presentation] 川崎市で分離した結核菌の分子疫学解析について (2020)
  • Author(s): 小嶋 由香, 淀谷 雄亮, 原 俊吉, 本間 幸子, 杉田 光男, 湯澤 栄子, 菊池 眸, 関根 由貴, 小泉 祐子, 森重 雄太, 村瀬 良朗, 下村 佳子, 細谷 真紀子, 御手洗 聡, 岡部 信彦
  • Organizer: 第32回日本臨床微生物学会総会・学術集会