2019 Fiscal Year Research-status Report
Have the drug-resistant bacteria that caused the large-scale nosocomial outbreak brought epidemic spread in the region?
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18K10040
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| Research Institution | Osaka Institute of Public Health |
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Principal Investigator |
河原 隆二 地方独立行政法人 大阪健康安全基盤研究所, 微生物部, 主任研究員 (10332454)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
中村 寛海 地方独立行政法人 大阪健康安全基盤研究所, 微生物部, 主任研究員 (00332445)
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| Project Period (FY) |
2018-04-01 – 2021-03-31
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| Keywords | 薬剤耐性プラスミド / カルバペネマーゼ / ゲノム解析 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
これまでに構築したカルバペネム耐性腸内細菌科細菌（CRE）の菌株データベースから、blaIMP-6をはじめ類縁のblaIMP-1やblaIMP-10保有腸内細菌を選択し、全ゲノムシーケンサー（WGS）による解析を実施した。また、共同研究者より大阪府内で分離されたblaIMP-6株のプラスミドデータの提供を受け、そのデータも合わせて検討を行った。E. coli及びKlebsiella preumoniaeのほとんどが既報のpKPI-6類縁と思われるIncNプラスミド上にblaIMP-6を保有している一方で、株数は少ないがIncN＋IncFIIK＋IncFIBK複合型、IncA/C型といった異なる系統のプラスミドも存在していることがわかった。これらのプラスミドは、地域内でどのように拡散・変化しながら薬剤耐性遺伝子を広げているか、その一端を知る上で興味深いものであり、今後さらに詳細な検討を予定している。
また、これまで世界的に報告が少ないタイプのカルバペネマーゼであるblaKHM-1保有のEnterobacter属菌が大阪府内の医療機関で分離された。研究分担者・協力者（中村・梅田）とともに、その菌株についてゲノム解析を実施してその遺伝的特徴を検討し、学会及び論文報告を行った。さらにEnterobacter属菌から、FRI、IMIといったまれなタイプのカルバペネマーゼを検出し、これらについても共同研究者らとゲノム解析を実施し、学会発表を行った。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
3: Progress in research has been slightly delayed.
Reason
昨年度に導入した解析用デバイスを使用することで、懸案であった解析のスループットが著しく向上し、ポータブルシーケンサー（MinION）のデータ取得が容易となった。一方で、ゲノムデータの解析を行うために構築した解析用サーバについて、ハードウェア上のトラブルがあり、再構築を実施したため全体として遅れがでてしまった。また、各種解析用ツールの導入にあたり、まだ一般的でない実験的なものもあえて選択したため、その手順などに手間取ったことも進捗に影響した。
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| Strategy for Future Research Activity |
従来より大阪大学との共同研究を進めていたが、今年度から特にWGSデータを用いた共同研究をさらに進めることができるようになったため、そのサポートを受けながらさらに菌株および薬剤耐性プラスミドの配列解析を実施していく予定である。
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| Causes of Carryover |
研究全体として進捗が遅れており、また、解析用の消耗品のうち消費期限が短いものがあるため、予定していた菌株等のゲノム解析を次年度に繰り越すこととした。
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