2020 Fiscal Year Research-status Report
Have the drug-resistant bacteria that caused the large-scale nosocomial outbreak brought epidemic spread in the region?
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18K10040
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| Research Institution | Osaka Institute of Public Health |
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Principal Investigator |
河原 隆二 地方独立行政法人 大阪健康安全基盤研究所, 微生物部, 主任研究員 (10332454)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
中村 寛海 地方独立行政法人 大阪健康安全基盤研究所, 微生物部, 主幹研究員 (00332445)
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| Project Period (FY) |
2018-04-01 – 2022-03-31
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| Keywords | 薬剤耐性プラスミド / カルバペネマーゼ / ゲノム解析 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
これまでに実施したカルバペネム耐性腸内細菌科細菌（CRE）分離株のゲノム解析の結果から、大阪府内で分離されたblaIMP-6を保有するプラスミドは、既報のpKPI-6類縁と思われる約50kbpのIncNプラスミドと約150kbpのIncFプラスミドに大別できることが明らかとなった。地域内にCREが拡散するきっかけと推定されるアウトブレイクでは、IncNプラスミドがメジャーであったことから、このプラスミドをターゲットに年代を追って解析することが重要であることが示唆された。
さらに詳細なプラスミドの解析を行うにあたり、新たにin vitroで特異的にプラスミドのみを増幅する方法を考案した。この方法を用いるメリットは、PCRのように簡便でかつ耐性遺伝子特異的にサンプル調整が可能なことであり、全ゲノムシーケンサーによる解析のコストも大幅に下げることができることだと考えており、将来的には各種薬剤耐性遺伝子にも応用できる可能性もある。本研究ではblaIMP-6保有IncNプラスミドで応用するために、クローニングベクターを用いてモックアップサンプルを作成し、構想通りin vitroで増幅することを確認しており、現在、臨床株由来プラスミドの増幅に取り組んでいる。
また、国内の地方衛生研究所で簡便にblaIMPの同定を行うことのできるPCR法の構築、新規FRI-8および9の同定を行い、論文や学会等で発表を行った。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
4: Progress in research has been delayed.
Reason
blaIMP-6保有プラスミドの解析の結果から、プラスミドを大まかに分類することができるようになった。このため、特に地域に広がりやすいと予測されるタイプのプラスミドを特定できるようになり、それをターゲットとした新たな解析ツールの発案につなげることができた。また、他のCRE検査法の開発や新規カルバペネマーゼの解析等も行っており、成果が上がりつつある。しかしながら、コロナウイルス感染症の流行を受けて、業務における本研究のプライオリティを下げざるを得ない状況となったことと、プラスミド増幅に用いるキットの販売が2021年初頭となったことにより、全体としての進捗が遅れている状況である。
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| Strategy for Future Research Activity |
新規の薬剤耐性遺伝子特異的in vitroプラスミド増幅法の開発と検証を進め、臨床で分離される薬剤耐性菌株への応用を進める。従来より進めていたポータブルシーケンサー（MinION）の活用と合わせて実施することにより、本研究の目的であるblaIMP-6保有プラスミドの系統的解析を推進する。また、薬剤耐性菌のスクリーニング検査法として全ゲノム解析を行い、従来の細菌検査よりも詳細かつ迅速な方法として実施できないかMinIONを用いて検討を行う予定である。
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| Causes of Carryover |
コロナウイルス感染症の流行を受けて、業務における本研究のプライオリティを下げざるを得ない状況となったことと、プラスミド増幅に用いるキットの販売が2021年初頭となったことにより、全体としての進捗が遅れたため。
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