2018 Fiscal Year Research-status Report
塩基配列データから探る日本人EBウイルス株の多様性
| Project/Area Number |
18K10057
|
|---|
| Research Institution | Tohoku Medical and Pharmaceutical University |
|---|
Principal Investigator |
矢島 美彩子 東北医科薬科大学, 医学部, 助教 (60443131)
|
|---|
| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
神田 輝 東北医科薬科大学, 医学部, 教授 (50333472)
|
|---|
| Project Period (FY) |
2018-04-01 – 2021-03-31
|
| Keywords | EBウイルス / ゲノム塩基配列決定 / 大腸菌人工染色体 / ゲノム編集 |
|---|
| Outline of Annual Research Achievements |
本研究では、日本人検体から得られるEBウイルス株の塩基配列を調べ、日本人におけるEBウイルス株の多様性を明らかにするとともに、「日本人のEBウイルス株の参照ゲノム配列」を決定することを目的とする。本研究で得られる日本人EBウイルス株の配列情報とデータベースに登録された情報を比較することにより、日本人のEBウイルス株の進化的位置づけを明らかにすることが可能となる。また、本研究で得られる「塩基配列情報」と「参照配列」は、アジア地域に偏在するEBウイルス関連疾患とEBウイルスの多様性の関係性について検討するための重要な基礎データとなることが期待できる。
2018年度は、EBウイルス関連疾患ではない反復性扁桃炎などで扁桃摘出を行うEBウイルス既感染者から得られる「無症候感染株」の全長ウイルスゲノムDNAのクローン化を行った。
東北医科薬科大学・医学部耳鼻咽喉科の協力により、インフォームドコンセントを得たうえで摘出した扁桃組織の一部の供与を受け、摘出扁桃を試験管内で培養することで自然に樹立される「EBウイルス感染リンパ芽球様細胞株（spontaneous lymphoblastoid cell line, sLCL）」を樹立した。CRISPR/Cas9によるゲノム編集技術を用いて、sLCLから「無症候感染株」の全長EBウイルスゲノムDNA（約170キロベース）をBAC（bacterial artificial chromosome）クローン化した。sLCL 11例中7例から「無症候感染株」のBACクローンを得た。PacBioロングリードシークエンサーを用いて、4例の全長ウイルスゲノムの塩基配列を決定した。
|
| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
おおむね計画通りに、摘出扁桃からのsLCLの樹立およびsLCLからの「無症候感染株」の全長EBウイルスゲノムのクローン化を進めることができた。また、一部ではあるが、「無症候感染株」の全長EBウイルスゲノムの塩基配列決定を行うことができたため。
|
| Strategy for Future Research Activity |
2019年度は「無症候感染株」にどの程度の多様性が見られるのかを調べる。また、データベースに登録されている日本人由来株や他地域の株との比較を行い、日本のEBウイルス株の進化的位置づけや日本株の特徴を調べる予定である。
|
| Causes of Carryover |
2018年度の研究費の一部を別財源でまかなうことができたため。次年度使用額については、2019年度繰り越してウイルスゲノム塩基配列決定のために使用する。
|
