2020 Fiscal Year Annual Research Report
Investigation of effectiveness of whole genome amplification prior to short tandem repeat analysis for degraded DNA
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18K10136
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| Research Institution | Tokyo Women's Medical University |
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Principal Investigator |
町田 光世 東京女子医科大学, 医学部, 助教 (60468692)
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| Project Period (FY) |
2018-04-01 – 2021-03-31
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| Keywords | 全ゲノム増幅法 / DNA損傷 / STR解析 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
法医学における個人識別では主にshort tandem repeat(STR)解析が用いられているが、環境への曝露などでDNAが変性した場合にSTR解析は困難となることがある。また、事件現場などで採取された試料は量が限られ、再検査のために一部を保管する必要もあり、法医学ではどれだけの量のDNAを検査に用いるのかは重要な課題である。そこで、全ゲノム増幅法の１つであるmodified improved primer extension preamplification(mIPEP)法に着目し、mIPEP法が変性DNAを用いたSTR解析に対して有効かどうかを検討した。実験協力者から採取した唾液を滴下したスライドガラスを紫外線で照射した後DNAを抽出した。DNAの分解度はKapa hgDNA Quantification Kitを用いて算出した。DNA5、0.5、0.05ngについて、mIPEP法により全ゲノム増幅を行い、増幅前後のDNAをAmpFlSTR Identifiler kitでSTR解析を行った。本実験は、本学遺伝子解析研究に関する倫理審査委員会の承認を得て実施した。
DNA5ngを全ゲノム増幅に用いた場合、分解度0.2未満の高度に分解された試料で、全ゲノム増幅後のSTR検出数が増幅前のSTR検出数より多かった。DNA0.5ngを全ゲノム増幅に用いた場合は、全ゲノム増幅前後のSTR検出数に差は認められなかったが、DNA0.05ngを全ゲノム増幅に用いた時、分解度0.4以上の中程度に分解された試料で全ゲノム増幅後のSTR検出数が増幅前のSTR検出数よりも多かった。従って、全ゲノム増幅に用いるDNAが5 ngあれば分解度0.2未満で、また、DNAが0.05ngの微量DNAの場合は分解度0.4以上で全ゲノム増幅を行うことによりSTR解析が改善されることが示唆された。
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