2021 Fiscal Year Annual Research Report
Update and expansion of the website "nucleotide sequence analysis (with R)"
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18K11521
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| Research Institution | The University of Tokyo |
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Principal Investigator |
門田 幸二 東京大学, 大学院情報学環・学際情報学府, 准教授 (60392221)
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| Project Period (FY) |
2018-04-01 – 2022-03-31
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| Keywords | 研究倫理 / RNA-seq / 発現解析 / データ正規化 / Rパッケージ |
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| Outline of Annual Research Achievements |
ウェブサイト「(Rで)塩基配列解析」は、主に塩基配列データや遺伝子発現データ解析をフリーソフトウェアRで効率的に行うための包括的な情報サイトである。本研究は、ウェブサイト (Rで)塩基配列解析の安定的な提供を目指し、①情報更新および②情報拡充を行うことを目的としている。今年度はまず、昨年度発表した研究倫理に関する論文（Kadota and Shimizu, Front Genet., 2020）の内容を中心とした日本語の解説記事を、日本乳酸菌学会誌の連載の第16回としてまとめた。研究者レベルでも「なぜ次から次へと新規手法が開発されるのか？」という問いに対して明確に答えられるヒトは少ない。たとえ同程度以下の性能であっても、従来法よりも高速であれば存在意義が認められるといったような、多様な評価基準のためだという理由付けが一般的である。しかし現実には、自分にとって都合のよい論文のみを引用して都合のよい結論を導く不適切な論文が一定数存在する。これを原著論文から読み解くのは大学院生レベルでは容易ではない。そのため、本成果は学術論文を批判的に読み解く重要性について、日本語で論点整理した重要な貢献だと考えている。また、「(Rで)塩基配列解析」利用の前提であるR、RStudio、そしてパッケージのインストール手順の内容をアップデートするとともに、基本的な利用法の解説内容も更新した。特に後者については、塩基配列を入力としてその翻訳配列を得る基礎的な項目において、そのスクリプトがうまく動作しない事象を確認したためである。利用者にとっては気にも留めない部分かもしれないが、地道に丁寧な動作確認を通じて発見できたことは、本課題の目的に完全に合致した仕事だと考えている。
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