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2019 Fiscal Year Annual Research Report

Development of protein sequence data mining method to design total sequence of artificial amino acid metabolism enzymes

Research Project

Project/Area Number 18K14391
Research InstitutionUniversity of Shizuoka

Principal Investigator

中野 祥吾  静岡県立大学, 食品栄養科学部, 助教 (80748541)

Project Period (FY) 2018-04-01 – 2020-03-31
Keywords祖先型設計 / L-アミノ酸酸化酵素 / 光学分割
Outline of Annual Research Achievements

H31年度は、L-アルギニン酸化酵素 (AROD) の祖先型設計と機能解析に関する研究を実施する過程で得られた、基質選択性の広い新規L-アミノ酸酸化酵素 (LAAO) に関する酵素化学的諸性質の検討と、D-アミノ酸誘導体の光学分割への応用に向けた研究を実施した。まずはデータベース検索により同定したPseudoalteromonas piscicida由来LAAO候補配列を鋳型とし、独自の配列解析ツールと祖先型設計を組み合わせることで、祖先型LAAO (AncLAAO) を設計した。AncLAAOについて20種類のL-アミノ酸を用いて基質選択性を評価した結果、L-GlnやL-Phe, L-Trpなどの10種類以上のL-アミノ酸に対し、反応性を有することが判明した。酵素学的諸性質の検討を行った結果、kcatの値は6~22 /sec, Km値は0.4~12 mMの範囲に分布していた。またAncLAAOは従来のLAAOとは異なり、大腸菌発現系において可溶性画分に大量に取得することができるなど (>50 mg/L)、応用研究への展開が容易なことが示唆された。
次にAncLAAOを用いて、ラセミ体のアミノ酸誘導体からD体アミノ酸の光学分割が可能か検討した。結果、16種類のラセミ体フェニルアラニン、及びトリプトファン誘導体に関して、高い光学純度 (>99% ee, D体) かつ収率 (>75%) でD体アミノ酸の光学分割が可能なことを証明した。以上の結果からAncLAAOはD体アミノ酸誘導体の光学分割への応用が期待できる、基質選択性の広い新規LAAOであることが判明した。上記研究成果はアメリカ化学会の触媒化学専門誌ACS Catalysisで公表するとともに、F1000Primeの推薦論文に選出されている。

  • Research Products

    (7 results)

All 2020 2019

All Journal Article (4 results) (of which Peer Reviewed: 4 results,  Open Access: 2 results) Presentation (2 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Invited: 1 results) Patent(Industrial Property Rights) (1 results)

  • [Journal Article] Elucidation of Molecular Mechanism of a Selective PPARα Modulator, Pemafibrate, through Combinational Approaches of X-ray Crystallography, Thermodynamic Analysis, and First-Principle Calculations2020

    • Author(s)
      Kawasaki Mayu、Kambe Akira、Yamamoto Yuta、Arulmozhiraja Sundaram、Ito Sohei、Nakagawa Yoshimi、Tokiwa Hiroaki、Nakano Shogo、Shimano Hitoshi
    • Journal Title

      International Journal of Molecular Sciences

      Volume: 21 Pages: 361~361

    • DOI

      10.3390/ijms21010361

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Deracemization and Stereoinversion to Aromatic d-Amino Acid Derivatives with Ancestral l-Amino Acid Oxidase2019

    • Author(s)
      Nakano Shogo、Minamino Yuki、Hasebe Fumihito、Ito Sohei
    • Journal Title

      ACS Catalysis

      Volume: 9 Pages: 10152~10158

    • DOI

      10.1021/acscatal.9b03418

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Competitive Binding Assay with an Umbelliferone-Based Fluorescent Rexinoid for Retinoid X Receptor Ligand Screening2019

    • Author(s)
      Yamada Shoya、Kawasaki Mayu、Fujihara Michiko、Watanabe Masaki、Takamura Yuta、Takioku Maho、Nishioka Hiromi、Takeuchi Yasuo、Makishima Makoto、Motoyama Tomoharu、Ito Sohei、Tokiwa Hiroaki、Nakano Shogo、Kakuta Hiroki
    • Journal Title

      Journal of Medicinal Chemistry

      Volume: 62 Pages: 8809~8818

    • DOI

      10.1021/acs.jmedchem.9b00995

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Kinetics-Based Structural Requirements of Human Immunoglobulin G Binding Peptides2019

    • Author(s)
      Muguruma Kyohei、Fujita Konomi、Fukuda Akane、Kishimoto Satoshi、Sakamoto Soichiro、Arima Risako、Ito Mayu、Kawasaki Mayu、Nakano Shogo、Ito Sohei、Shimizu Kanade、Taguchi Akihiro、Takayama Kentaro、Taniguchi Atsuhiko、Ito Yuji、Hayashi Yoshio
    • Journal Title

      ACS Omega

      Volume: 4 Pages: 14390~14397

    • DOI

      10.1021/acsomega.9b01104

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] In silicoでタンパク質を創る2019

    • Author(s)
      中野 祥吾
    • Organizer
      細胞を創る研究会12.0
    • Invited
  • [Presentation] Reconstruction of ancestral L-amino acid oxidase to broaden substrate selectivity2019

    • Author(s)
      Shogo Nakano
    • Organizer
      Enzyme Engineering XXV
    • Int'l Joint Research
  • [Patent(Industrial Property Rights)] 糖鎖結合性一本鎖抗体およびその作製方法2019

    • Inventor(s)
      隅田泰生,常盤広明,伊藤創平,中野祥吾,新地浩之
    • Industrial Property Rights Holder
      隅田泰生,常盤広明,伊藤創平,中野祥吾,新地浩之
    • Industrial Property Rights Type
      特許
    • Patent Publication Number
      特開2019-199472

URL: 

Published: 2021-01-27  

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