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2019 Fiscal Year Annual Research Report

Development and applications of biomimetic peptide synthesis

Research Project

Project/Area Number 18K14396
Research InstitutionKyoto University

Principal Investigator

倉永 健史  京都大学, 薬学研究科, 助教 (70625201)

Project Period (FY) 2018-04-01 – 2020-03-31
Keywordsペプチド / 生合成 / 有機合成
Outline of Annual Research Achievements

本研究では生合成模倣化学合成法の有用性を実証する応用研究として、ペプチド系天然物の全合成および生合成研究への応用を計画していた。生合成模倣ペプチド合成法ではその化学合成中間体が生合成中間体と類似の構造となるため、通常自然界からは得られない生合成中間体が容易に化学合成供給可能となる。
2018年度は、研究対象とした天然物群のなかでも環状ペプチド天然物スルガミドA-Eおよび鎖状ペプチド天然物スルガミドFについて、その化学合成を駆使した生合成メカニズム解明研究を行った。化学合成基質と大腸菌において異種発現させた生合成酵素とのin vitro反応によるペプチド鎖伸長の停止メカニズム解明研究を行った結果、通常のNRPのペプチド鎖伸長の停止を担う酵素(TE)とは大きく異なる部位に存在する酵素SurEにより環状ペプチド天然物スルガミドA-Eが得られることを明らかとし、これまで未解明であった環化機構の解明に成功した(Angew. Chem. Int. Ed. 2018, 57, 9447.)。
2019年度も引き続き生合成模倣化学合成法の全合成および生合成研究への応用研究を行なった。環状ペプチド天然物スルガミドAは、その遺伝子情報解析から新規の特殊アミノ酸(D-Ile)生合成メカニズムを有すると示唆されていたが、我々の全合成により提唱構造中のD-Ileは正しくはD-allo-Ileであることが判明した。当初の計画とは異なるものの、特殊アミノ酸の生合成に着目し研究を行なったことによりその訂正構造を報告する結果となった。
また、引き続き本研究で同定に成功した新規酵素SurEの機能解明も行なった。SurEは生産生物もアミノ酸配列も全く異なる鎖状ペプチド天然物カスミガミド誘導体の環化能も有することが示され、ペプチド環化触媒として幅広く応用可能であることが確認された(論文投稿準備中)。

  • Research Products

    (11 results)

All 2020 2019

All Journal Article (7 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 7 results) Presentation (4 results) (of which Invited: 2 results)

  • [Journal Article] Thioamycolamides A-E, Sulfur-Containing Cycliclipopeptides Produced by the Rare Actinomycete Amycolatopsis sp.2020

    • Author(s)
      Chengqian Pan, Takefumi Kuranaga, Chao Liu, Shan Lu, Naoya Shinzato, Hideaki Kakeya
    • Journal Title

      Org. Lett.

      Volume: 22 Pages: 3014-3017

    • DOI

      10.1021/acs.orglett.0c00776

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] A new cyclase family catalyzing head-to-tail macrolactamization of non-ribosomal peptides2019

    • Author(s)
      Kenichi Matsuda, Takefumi Kuranaga, Toshiyuki Wakimoto
    • Journal Title

      J. Synth. Org. Chem. Jpn.

      Volume: 77 Pages: 1106-1115

    • DOI

      10.5059/yukigoseikyokaishi.77.1106

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] ペニシリン結合タンパク質によるペプチド環化2019

    • Author(s)
      松田研一、倉永健史、脇本敏幸
    • Journal Title

      ファルマシア

      Volume: 55 Pages: 650-654

    • DOI

      10.14894/faruawpsj.55.7_650

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Scrobiculosides A and B from the Deep-Sea Sponge Pachastrella scrobiculosa2019

    • Author(s)
      Takahiro Jomori, Shuji Shiroyama, Yuji Ise, Hisanori Kohtsuka, Kenichi Matsuda, Takefumi Kuranaga, Toshiyuki Wakimoto
    • Journal Title

      J. Nat. Med.

      Volume: 73 Pages: 814-819

    • DOI

      10.1007/s11418-019-01315-6

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] The Revised Structure of the Cyclic Octapeptide Surugamide A2019

    • Author(s)
      Kenichi Matsuda, Takefumi Kuranaga,* Ayae Sano, Akihiro Ninomiya, Kentaro Takada, Toshiyuki Wakimoto
    • Journal Title

      Chem. Pharm. Bull.

      Volume: 67 Pages: 476-480

    • DOI

      10.1248/cpb.c19-00002

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Introduction of D-Amino Acids in Minimalistic Peptide Substrates by an S-Adenosyl-L-Methionine Radical Epimerase2019

    • Author(s)
      Anna L. Vagstad, Takefumi Kuranaga, Salome Puentener, Vijay Pattabiraman, Jeffrey W. Bode, Joern Piel
    • Journal Title

      Angew. Chem. Int. Ed.

      Volume: 58 Pages: 2246-2250

    • DOI

      10.1002/anie.201809508

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] SurE is a trans-acting thioesterase cyclizing two distinct non-ribosomal peptides2019

    • Author(s)
      Kenichi Matsuda, Masakazu Kobayashi, Takefumi Kuranaga, Kentaro Takada, Shigeki Matsunaga, Haruo Ikeda, Toshiyuki Wakimoto
    • Journal Title

      Org. Biomol. Chem.

      Volume: 17 Pages: 1058-1061

    • DOI

      10.1039/C8OB02867B

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 実用的inverseペプチド合成法の開発2020

    • Author(s)
      森本涼太, 倉永健史, 脇本敏幸, 掛谷秀昭
    • Organizer
      日本薬学会第140年会
  • [Presentation] Chemical Synthesis and Biosynthesis of Peptidic Natural Products2020

    • Author(s)
      Takefumi Kuranaga
    • Organizer
      日本化学会第100春季年会「若い世代の特別講演」
    • Invited
  • [Presentation] 田地川千里1, 松田研一2, 倉永健史3,脇本敏幸22019

    • Author(s)
      スルガミド環化酵素SurEによる環状カスミガミドの合成
    • Organizer
      第8回食品薬学シンポジウム
  • [Presentation] ものとり指向型化学合成2019

    • Author(s)
      倉永健史
    • Organizer
      第54回天然物化学談話会(受賞講演)
    • Invited

URL: 

Published: 2021-01-27  

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