2018 Fiscal Year Research-status Report
メロンつる割病レース1.2抵抗性遺伝子F1,2yのRAD-seq解析と育種利用
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18K14459
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| Research Institution | Saga University |
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Principal Investigator |
松本 雄一 佐賀大学, 農学部, 講師 (80538265)
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2018-04-01 – 2021-03-31
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| Keywords | メロン / つる割病 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
PI320052 × PI364475の交雑により約600のF2分離集団の種子が得られた。このうちF2分離集団99個体について自殖を行い、F3の種子を得た。このF3系統に対するメロンつる割病レース1,2y抵抗性検定を行うことでF2のF1,2y遺伝子型を推定できる。
PI320052 × PI364475のF2分離集団におけるRAD-seq及びSNP検出については、ライブラリ調製の結果、11.4ng/Lの濃度のライブラリが得られ、これらのサンプルをシーケンスにかけたところ、合計で467,632,885本のリードが得られた。このリードを各個体のリードに分け、短いリードの除去が行われ最終的にStacksの解析に用いた。F2分離集団99個体の中で最もリード数が少ないのはF2_28の538,534本、最も多いのはF2_81の5,521,180本であった。これらのリードをdenovo_map.plにかけ個体ごとに遺伝子座の検出を行った。個体ごとの遺伝子座の平均リード数（Coverage depth）は最小のCoverage depthを示したのはF2_28の8.63、最大はF2_93の23.36であった。PI 320052及びPI 364475からは173,886個の総遺伝子座と23,929個のSNPが検出された。それらの結果をもとにgenotypesによってF2分離集団のSNP検出を行った結果、99個体中70個体以上で検出できたSNPマーカーは1,548個であった。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
F3系統を十分な数量得ることができた。またF2のRAD-seq解析についても進んでいる。今後、リファレンスを利用した解析を行うためにC. anguria自身の解析を検討する。
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| Strategy for Future Research Activity |
C. anguriaについては過去の報告によりメロンおよびキュウリのリファレンスの利用が困難とされている。一方で、リファレンスを用いない連鎖解析は不具合が想定されることから、C. angruiaについて解析を行いリファレンスを用いた形での連鎖解析を進める。
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| Causes of Carryover |
概ね計画通り執行したものの202円の端数が発生した。この残額で年度内での適正な執行は困難であることから次年度使用額が生じることとなった。
202円については物品費等で2019年度と併せて使用する。
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