メロンつる割病レース1.2抵抗性遺伝子F1,2yのRAD-seq解析と育種利用

2019 Fiscal Year Research-status Report

• Project/Area Number: 18K14459
• Research Institution: Saga University
• Principal Investigator: 松本 雄一 佐賀大学, 農学部, 講師 (80538265)
• Project Period (FY): 2018-04-01 – 2021-03-31
• Keywords: メロン / つる割病

Outline of Annual Research Achievements

C. anguria PI 320052とPI 364475のF2分離集団99系統のRAD-seqにより得られたリードについて，Stacks ver 2.5を用いて各SNPの遺伝子型解析を行った．さらに，同集団について多型の見られるSSRマーカーを用いてPCRを行い，マーカー遺伝子型についての調査も行った．また，F2の自殖により得られたF3世代におけるつる割病抵抗性表現型に基づきF2分離集団のF1,2y遺伝子型推定を行った．これらのSNPおよびSSRマーカー遺伝子型およびF1,2y遺伝子型を基にJoinmap ver 4.1により連鎖解析を行った．
その結果、1225個のSNP遺伝子型データが得られた．これらのうち，F2分離集団内で3:1に分離したものは157個見られ，これらのSNPを連鎖解析に用いた．
SSRマーカーについては8マーカーで90個体以上の遺伝子型データが得られた．F1,2y遺伝子型の結果に基づき連鎖解析を行ったところ F1,2yはSNP43249と密接に連鎖し，SSRマーカーCMTCN62とCMBR071の間に位置することが示唆された．
CMTCN62とCMBR071はメロン第11連鎖群上に座乗するとされ，以前の解析でもF1,2yはメロンの第11連鎖群上のマーカーECM164に連鎖していたことから，今回の結果は信頼性の高いものと考えられた．

Current Status of Research Progress

3: Progress in research has been slightly delayed.

Reason

異常気象等により植物体数が減少し、データ数がやや少ないものとなっている。またRAD-seqにより得られたデータについて想定よりも精度が低いため、解析方法について再度検討を行う必要がある。

Strategy for Future Research Activity

現在、連鎖地図の全長が一般よりもかなり長いものとなっている。またつる割病抵抗性表現型データが少なく、連鎖解析の精度がやや低いものとなっている。これらに対応するため、表現型観察に用いる個体数を増やすとともに、Stacks ver 2.5による解析コマンドについて再度確認を行うことで、連鎖地図の精度を上げていく。

Causes of Carryover

異常気象等により植物体の生産数の減少やそれに伴う試薬等の減少、また新型コロナウイルスによる出張の取り消しなどが発生したため次年度使用額が生じた。
次年度において栽培個体数を増加し、また試薬・資材等の導入による実験の効率化・スピードアップを図る。学会等での公表も進め、当初の計画・目的が達成できるよう使用する。