• Search Research Projects
  • Search Researchers
  • How to Use
  1. Back to project page

2019 Fiscal Year Annual Research Report

海洋性動物プランクトンの‘真の種の境界’を明らかにする

Research Project

Project/Area Number 18K14519
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

平井 惇也  東京大学, 大気海洋研究所, 助教 (30762554)

Project Period (FY) 2018-04-01 – 2021-03-31
Keywordsカイアシ類 / 種多様性 / 一塩基多型 / 交雑
Outline of Annual Research Achievements

2年目である2019年度は、前年度に引き続き次世代シーケンサーを用いた一塩基多型(SNPs)の探索方法の検討を行った。対象は前年度に引き続き形態種内に多数のミトコンドリアDNAのグループが検出されるカイアシ類Pleuromamma abdominalisとし、RAD-seq法に加え、新たにMIG-seq法(Suyama & Matsuki 2015)を導入した。SNPsの探索にはRAD-seq法が一般的に用いられるが、比較的高いDNA量が要求される。一方、MIG-seq法は検出されるSNPsの数はRAD-seq法に比べて低いものの、低いDNA濃度や保存状態の悪い試料にも適用可能という利点がある。Pleuromamma abdominalisに両手法を適用し比較したところ、両手法で得られた結果は一致し、遺伝子グループ間の交雑および生殖隔離を判別することが可能であった。同一の配列数あたりのSNPsの探索能は従来の知見通りにRAD-seqが上回ったが、一方で解析に必要な高クオリティーの配列数の割合はMIG-seqのほうが高かった。MIG-seq法は、必要なSNPs情報十分に得られ、より低コストで高品質の配列を得られることから、動物プランクトンの交雑・生殖隔離を正確に把握する有用な方法であると結論付けられた。また、体長1 mm以下のカイアシ類Paracalanus sp.からもMIG-seq法によりSNPsの探索が可能であり、小型種にも同手法は適用可能であることが確かめられた。

  • Research Products

    (2 results)

All 2020

All Journal Article (1 results) (of which Peer Reviewed: 1 results) Presentation (1 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results)

  • [Journal Article] Insights into reproductive isolation within the pelagic copepod Pleuromamma abdominalis with high genetic diversity using genome-wide SNP data2020

    • Author(s)
      Junya Hirai
    • Journal Title

      Marine Biology

      Volume: 167 Pages: 1

    • DOI

      10.1007/s00227-019-3618-x

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Insights into reproductive isolation within highly divergent copepod Pleuromamma abdominalis using genome-wide SNP data2020

    • Author(s)
      Junya Hirai
    • Organizer
      Ocean Science Meeting
    • Int'l Joint Research

URL: 

Published: 2021-01-27  

Information User Guide FAQ News Terms of Use Attribution of KAKENHI

Powered by NII kakenhi