ゲノム情報を利用した育種手法による形態異常軽減技術の開発

2019 Fiscal Year Research-status Report

• Project/Area Number: 18K14525
• Research Institution: Fisheries Research and Education Agency
• Principal Investigator: 宇治 督 国立研究開発法人水産研究・教育機構, 増養殖研究所, 主任研究員 (40372049)
• Project Period (FY): 2018-04-01 – 2021-03-31
• Keywords: 異体類 / 形態異常 / ゲノム育種

Outline of Annual Research Achievements

魚類の種苗生産現場において形態異常魚の出現は大きな経済的損失を伴うため、古くから問題として存在し、今日でも変わらず大きな問題であり続けている。この形態異常の問題に対して、現在の次世代シーケンサー(NGS)技術は、何百万ものDNA分子を短期間で配列決定できる技術であり、大量の一塩基多型情報を利用した育種による解決の可能性を提示する。つまり、形態という形質が、一般的な育種目標形質である成長や耐病性などの形質と同様に、育種における選抜改良で改善できるかどうかというのは大きな問いである。初年度に天然のササウシノシタ親魚を用いて形態異常が多発する飼育条件（高密度飼育）での解析家系の２つの作出を行った。本年度は、飼育条件が高密度という試験設定のため成長が遅れている作出した解析家系の１つについて4月に677（平均全長41mm±8(n=50)）匹個体から約200匹まで間引き、かつ飼育温度を上げて継続飼育した。高密度飼育試験区のもう１つの水槽の432匹（平均全長41mm±8(n=50)）についてはそのまま継続飼育した。2020年３月には間引いた個体群の平均全長が88mm±14(n=155)にまで成長したため、全155匹にPITtagを装着し、鰭からDNAを抽出し、RAD-seqライブラリーを作成した。またこの水槽では産卵が確認しており、次世代を作出できる状況まで成長した。作成したライブラリーをillumina NextSeq500でシーケンスを行い、配列を決定した。今後、選抜した親魚を用いて次世代を作出していく予定である。

Current Status of Research Progress

3: Progress in research has been slightly delayed.

Reason

飼育条件が高密度という試験設定のため成長が遅く若干計画から遅れている。

Strategy for Future Research Activity

RAD-seqから得られた多型情報を元に集団の近交度を抑えながら次世代の作出を行う。

Causes of Carryover

高密度試験区は試験設定である高密度という飼育条件のため想定以上に成長が遅かった。そのため、これらの稚魚のDNA抽出およびRAD-seq解析に用いる予算を次年度に使用することにした。