2019 Fiscal Year Research-status Report
Rapid identification of candidate genes affecting egg production in Japanese indigenous chickens
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18K14564
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| Research Institution | Obihiro University of Agriculture and Veterinary Medicine |
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Principal Investigator |
後藤 達彦 帯広畜産大学, 畜産学部, 助教 (30619391)
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| Project Period (FY) |
2018-04-01 – 2021-03-31
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| Keywords | ゲノム科学 / ニワトリ / 産卵率 / 日本鶏 / 次世代シークエンサー / 集団ゲノム解析 / マッピング / 選抜の痕跡 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
ニワトリの産卵性能に関与する遺伝子群を同定するために、日本鶏品種である、ナゴヤ、ヒナイドリ、ギフジドリ、ミエジドリならびにショウコクの5品種の集団を対象に、全ゲノムリシークエンスを行い、各集団間のゲノム比較を行うことを計画している。初年度のナゴヤを用いた解析によって、産卵率の候補領域が53箇所見つかっている。次年度には、ヒナイドリの集団を対象に、illumina社の次世代シークエンサー(HiSeq X Ten)を用いて、個体別の全ゲノム情報の生データを基にして、GATK、BWA、Picard toolおよびSAMtoolsを用いて、ニワトリ参照配列にマッピングした。ヒナイドリ集団の解析では、総計9,853,894 SNPsの遺伝的変異が検出された。VCFtoolsを用いて、全ゲノム領域を約9万の20-KBウィンドウに分けて、産卵率および産卵性能の高/低の集団における変異パターンの違いを、Fstの指標を基にして比較した。標準化したFstであるZ-Fstの値が極めて高い領域（Z-Fst > 4）を高低の集団間において有意に異なる候補領域とした結果、産卵率の高低それぞれの集団間で有意に異なるゲノム領域が、第1-9、11-15、22-23および26-28染色体上に65箇所見つかった。候補領域のサイズは、平均268 KB、最小20 KB、最大4.1 MBであった。今後、ギフジドリ、ミエジドリおよびショウコクの全ゲノムリシークエンス、情報解析ならびに実用鶏および在来鶏の両集団を対象にした集団ゲノム解析を進めていく計画である。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
3年の研究期間のうち2年目の終了時点で、産卵率の候補領域を多数同定している。残りの分析は、最終年度に十分に行えるため、おおむね順調である。
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| Strategy for Future Research Activity |
これまでに、実用鶏であるナゴヤおよびヒナイドリの解析を終えている。在来鶏であるギフジドリ、ミエジドリおよびショウコクのゲノム解析を終えた後、実用鶏および在来鶏の両集団を対象にした集団ゲノム解析を行うことによって、日本鶏がもつ産卵性能に関与する遺伝子群を同定する計画である。
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| Causes of Carryover |
当初の予定では、ゲノム解析を前倒しに行おうと計画していたが、解析に適した血液サンプルの収集等に時間がかかり、2年目の終了時までに解析することができなかった。そのため、次年度使用額が生じたが、それを用いて最終年度にゲノム解析を行う計画である。
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