2019 Fiscal Year Research-status Report
祖先情報の欠損が乳用牛ゲノミック評価値のバイアスに及ぼす影響の解明
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18K14573
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| Research Institution | National Agriculture and Food Research Organization |
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Principal Investigator |
山崎 武志 国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構, 北海道農業研究センター, 主任研究員 (00414764)
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| Project Period (FY) |
2018-04-01 – 2021-03-31
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| Keywords | ゲノミック評価 / 乳用牛 / バイアス |
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| Outline of Annual Research Achievements |
ゲノミック評価は、実データ（後代や自身の成績）を用いずに、染色体上に分布する数万箇所の一塩基多型（SNP）を遺伝子変異のマーカーとして、個体の遺伝的能力を評価する技術である。個体の早期選抜技術であるゲノミック評価は、乳用牛の世代間隔を大幅に短縮させた。その一方で、若い父母等、実データが欠損する祖先は、リファレンス集団（ゲノミック評価のベースとなる祖先集団）に含まれない。このことにより発生する「評価のバイアス（過大または過小な評価）」が問題となっている。本研究では、リファレンス集団における祖先情報の欠損が乳用牛ゲノミック評価のバイアス発生に及ぼす影響について、仮想データおよび実際の乳用牛データを用いて検証する。
研究実施２年目となる本年度は、国内の乳用牛集団に関する実際のデータを用いたゲノミック評価に着手するとともに、初年度に確立した手法により発生させた仮想データを用いてゲノミック評価を実施した。娘牛の成績に基づいて選抜される種雄牛集団について、選抜率および集団サイズの異なる仮想データを発生させた。リファレンス集団から父牛を除いて算出したゲノミック評価値のバイアス（真の遺伝的能力からのズレ）について、リファレンス集団が完全な評価値のバイアスと比較した。その結果、無選抜集団よりも選抜集団において、また、リファレンス集団が小さいほど、父牛が不明のリファレンス集団から算出したゲノミック評価値のバイアスが大きくなることを明らかにした。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
3: Progress in research has been slightly delayed.
Reason
実際の乳用牛データを用いたゲノミック評価に関する検証手法が確立できていないため、やや遅れていると判断する。一方、仮想データを用いた検証についてはほぼ終了したため、次年度は国内の乳用牛データを用いてゲノミック評価を実施し、仮想データにおける結果と比較する。
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| Strategy for Future Research Activity |
実際の乳用牛データを用い、完全なリファレンス集団および直近祖先が欠損したリファレンス集団を用いたゲノミック評価を算出し、そのバイアスについて、仮想データにおける結果と比較する。
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| Causes of Carryover |
消耗品類が当初計画より安価に購入できたため。やや遅れている実際の乳用牛データを用いたゲノミック評価を着実に実施するため、契約職員によるデータ整理の強化に使用する。
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Research Products
(1 results)
