Analyzing genome constitution of apogamous ferns by much of SNPS data

2020 Fiscal Year Final Research Report

• Project/Area Number: 18K14785
• Research Category: Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
• Allocation Type: Multi-year Fund
• Review Section: Basic Section 45030:Biodiversity and systematics-related
• Research Institution: The Makino Memorial Foundation of Kochi Prefecture
• Principal Investigator: Hori Kiyotaka 公益財団法人高知県牧野記念財団, その他部局等, 研究員 (20806004)
• Project Period (FY): 2018-04-01 – 2021-03-31
• Keywords: 無配生殖 / シダ / 倍数性 / 染色体 / 雑種

Outline of Final Research Achievements

Apogamous ferns are difficult to classify because of their continuous morphological variation. However, it is not still enough to define each apogamous species based on DNA information objectively. In Athyriaceae and Dryopteridaceae, several nuclear DNA markers showed there are reticulate relationships in apogamous species complex. Furthermore, next-generation sequencing can estimate similar genome constitution with single copied nuclear DNA markers depend on parameters of softwares.

Free Research Field

シダ植物のゲノム構成の解析

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

一連の研究により，日本産シダ植物の無配生殖種複合体の大まかなゲノム構成が明らかにされた．その多くは無配生殖種と有性生殖種の組み合わせなっており，ゲノム提供種として無配生殖種と有性生殖種が相互に関係したことが示唆された．さらに，従来外部形態に基づいて推定されていたゲノム提供種が，DNA塩基配列を用いたゲノム構成の推定によって，大きく見直されることにもなった．このため，これらの研究は，日本のシダ植物相の多様性の把握と保全に対して大きな影響をもつものであり，社会的意義も大きいと考えられる．