2019 Fiscal Year Research-status Report
Analysis of heat-response gene regulation through norvel nuclear body by containing the noncoding RNA
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18K14899
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| Research Institution | The University of Tokyo |
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Principal Investigator |
小野口 玲菜 (水谷玲菜) 東京大学, アイソトープ総合センター, 特任助教 (30780697)
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| Project Period (FY) |
2018-04-01 – 2022-03-31
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| Keywords | 長鎖非コードRNA / 熱ストレス応答 / 核内構造体 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
熱ストレスへ正常に応答することは生物の生存において重要であり、熱ストレスへの応答異常は神経変性疾患やがんなど様々な疾患の原因の一端となっている。申請者はこれまでに長鎖非コードRNAに着目して、ストレス応答機構について研究を行ってきた。その過程で、通常は核スペックルと呼ばれる核内構造体に局在化している長鎖非コードRNA, MALAT1が熱ストレスに応答して新規核内構造体(MALAT1含有新規核内構造体と命名)に局在変化するという新しい現象を発見した。本研究ではMALAT1含有新規核内構造体を介した遺伝子発現の制御機構を解明し、熱ストレス応答におけるこの構造体の生理的意義を明らかにすることを目的とした。昨年度の研究成果によりMALAT1依存的に発現変動する熱応答性遺伝子が存在することが見出されていた。本年度は、昨年度に同定したMALAT1依存的な熱応答性遺伝子の中で転写制御を受けているものがあるかを検証するために、網羅的にオープンクロマチン領域を同定する手法であるATAC-seq解析を行った。その結果、MALAT1依存的に変化する熱応答性のオープンクロマチン領域が同定された。また、モチーフ解析を行うことにより、寄与する転写因子の候補の予測も行った。また、昨年度取得したRNA-seq解析の結果からMALAT1含有核内構造体がスプライシング制御に寄与する可能性が示唆されていた。スプライシングバリアントの変化についてさらに詳細に解析するために、当初の研究計画に追加してロングリードシーケンス解析も行った。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
3: Progress in research has been slightly delayed.
Reason
MALAT1含有核内構造体を介した遺伝子発現制御機構の全貌を解明するためには、昨年度取得したChIRP-seq, RNA-seqの解析データ、ならびに本年度取得したATAC-seqのデータを統合的に解析する必要がある。当初の研究計画に追加して行ったロングリードシーケンスデータの詳細な解析、検証実験が完了していないこと、また統合的な解析は不十分であることからやや遅れていると判断した。
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| Strategy for Future Research Activity |
当初の研究計画に追加して行ったロングリードシーケンスデータの詳細な解析、検証実験を行う。また、これまでに取得したRNA-seq, ChIRP-seq, ATAC-seqのデータと合わせて統合的な解析を行う。
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| Causes of Carryover |
２０１９年度女性教員研究スキルアップ経費支援に採択され、米国で開催された学会(RNA Control & Regulation -84th Cold Spring Harbor Laboratory Symposium-)への参加費・旅費のサポートを受けられたため旅費として計上していた額を他の用途で使用できることとなった。使用計画としては当初の研究計画に追加して行ったロングリードシーケンスデータの詳細な解析、検証実験を行う。また、これまでに取得したNGSのデータと合わせて統合的な解析を行う。
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