Comprehensive molecular analysis based on somatic copy number alterations in colorectal tumors

2019 Fiscal Year Research-status Report

• Project/Area Number: 18K15088
• Research Institution: Iwate Medical University
• Principal Investigator: 永塚 真 岩手医科大学, 医学部, 任期付助教 (90815937)
• Project Period (FY): 2018-04-01 – 2021-03-31
• Keywords: 体細胞コピー数変化 / 大腸腫瘍

Outline of Annual Research Achievements

Somatic Copy number alteration (SCNA)は大腸癌で浸潤の際に多数みられることが明らかにされているが,大腸腺腫,粘膜内癌,浸潤癌における頻度,さらに癌関連遺伝子変異,DNAメチル化状態,microsatellite instability (MSI)との関連は明らかでない.今回我々は大腸腫瘍におけるゲノム, エピゲノム変化を解析し, SCNAとの関連について検討した.大腸腺腫65例 ［low grade adenoma (LGA) 40例, high grade adenoma (HGA) 25例］, 粘膜内癌 (intramucosal cancer: IMC) 35例, 固有筋層浸潤癌20例について腺管分離法により腫瘍腺管を採取後,DNAを抽出し, HumanCytoSNP-12v2.1 BeadChip を用いてSCNA解析を行った.Gain, loss of heterozygosity (LOH), copy neutral LOHに分類し, その頻度, 染色体異常領域から階層的クラスター解析を行い各subgroup間のCNA頻度,異常領域とBRAF, KRAS, TP53遺伝子変異,DNAメチル化状態,MSIとの関連を調べた.CNAの頻度から3つのsubgroupに分類された. subgroup1は多くのCNAに特徴付けられsubgroup3ではCNAは少なく, subgroup2は中間的であった. CNA異常領域ではsubgroup1は2,3に比してsubgroup2は3に比してgain, overallで有意に長かった. 組織像ではsubgroup1は固有筋層浸潤癌がsubgroup3ではLGAが多かった. IMA, HGAでは有意差はみなかった.

Current Status of Research Progress

1: Research has progressed more than it was originally planned.

Reason

SCNA解析が終了しその発現頻度からのクラスター解析を行った.さらにDNAメチル化, 癌関連遺伝子, MSIとの解析も終了し英語論文の作成を行った.

Strategy for Future Research Activity

症例数の増加やSCNAの頻度の高い各遺伝子座から候補遺伝子の抽出、免疫染色が可能な場合は免疫染色による蛋白発現の確認を予定している.

Causes of Carryover

癌関連遺伝子変異解析、DNAメチル化解析、MSI解析における症例解析を行っているが予定した解析症例では残額が生じた。残額で次年度に追加症例の解析を予定とする。

Research Products

• [Journal Article] Comprehensive molecular analysis based on somatic copy number alterations in intramucosal colorectal neoplasias and early invasive colorectal cancers (2019)
  • Author(s): Sugai T, Eizuka M, Habano W, et al.
  • Journal Title: Oncotarget Volume: 9 Pages: 22895-22906
  • DOI: doi: 10.18632/oncotarget.25112
  • Peer Reviewed / Open Access