2020 Fiscal Year Annual Research Report
Comprehensive molecular analysis based on somatic copy number alterations in colorectal tumors
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18K15088
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| Research Institution | Iwate Medical University |
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Principal Investigator |
永塚 真 岩手医科大学, 医学部, 任期付助教 (90815937)
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| Project Period (FY) |
2018-04-01 – 2021-03-31
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| Keywords | copy number alteration / 大腸腫瘍 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
大腸腺腫65例 ［low grade adenoma (LGA) 40例, high grade adenoma (HGA) 25例］, 粘膜内癌 (intramucosal cancer: IMC) 35例, 固有筋層浸潤癌20例について腺管分離法により腫瘍腺管を採取後,DNAを抽出し, HumanCytoSNP-12v2.1 BeadChip を用いてSCNA解析を行った.Gain, loss of heterozygosity (LOH), copy neutral LOHに分類し, その頻度, 染色体異常領域から階層的クラスター解析を行い各subgroup間のCNA頻度,異常領域とBRAF, KRAS, TP53遺伝子変異,DNAメチル化状態,MSIとの関連を調べた.CNAの頻度から3つのsubgroupに分類された. subgroup1は多くのCNAに特徴付けられsubgroup3ではCNAは少なく, subgroup2は中間的であった. CNA異常領域ではsubgroup1は2,3に比してsubgroup2は3に比してgain, overallで有意に長かった. 組織像ではsubgroup1は固有筋層浸潤癌がsubgroup3ではLGAが多かった. IMA, HGAでは有意差はみなかった.subgroup間ではKRAS, BRAF変異、DNAメチル化は有意差はみなかった。TP53変異はsubgroup3に比してsubgroup1,2で有意に高かった。
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