Development of the epigenetic marker for atherosclerosis through mitochondrial DNA methylome analysis

2018 Fiscal Year Research-status Report

• Project/Area Number: 18K15427
• Research Institution: Iwate Medical University
• Principal Investigator: 三上 貴浩 岩手医科大学, 医学部, 助教 (90804419)
• Project Period (FY): 2018-04-01 – 2022-03-31
• Keywords: メチローム / 動脈硬化 / 老化

Outline of Annual Research Achievements

動脈硬化マーカー解析の基盤として年齢尺度のDNAマーカーを探索するため、正則性回帰モデル（elastic net）を用いたDNAメチローム解析を行った。まだ本モデルが有効かはわからないが、現在解析中である。
デモデータとして100*10000の行列を用いて、要素を0,1,2（メチル化の程度を表す）としてelastic netを行なったが、実際に年齢（行）と相関するメチル化サイト（列）を最初の100列に設定したにも関わらず、残る9900列からも年齢と相関する列が多く選ばれてしまい、nonspecificなDNAサイトも選ばれてしまうことが予想された。これを回避するために現在はbootstrapにより予め候補領域を絞り込むことを検討している。
また、年齢尺度となるDNAマーカーを探索する上で必要な解析対象の選定も行った。

Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

当初の予定通り、年齢尺度の解析をまず行っている途中である。
bootstrap法をどのように行うかが直近の課題である。

Strategy for Future Research Activity

正則性回帰モデルを利用してもDNAマーカーの解析ができない場合には、他のモデルを検討する。
bootstrap法を用いて候補DNA領域をまず30万から1万程度に絞り込み、そのあとに正則性回帰モデルにより年齢と相関するDNAサイトを探索する。
同時に探索群、検証群のDNA解析も進める。