2020 Fiscal Year Annual Research Report
Investigation for control of enhancer activity by non-coding RNA transcription and mechanism of developing primary immunodeficiency and oncogenesis under the disrupted non-coding transcription.
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18K15661
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| Research Institution | Tokyo Medical and Dental University |
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Principal Investigator |
磯田 健志 東京医科歯科大学, 医学部附属病院, 助教 (80815225)
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| Project Period (FY) |
2018-04-01 – 2021-03-31
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| Keywords | エンハンサー活性制御 / 非コードRNA / 免疫不全症 / 急性リンパ性白血病 / 非ホジキンリンパ腫 / 運命決定 / エピジェネティクス / T細胞分化 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
感染制御を担うT細胞の系列決定には転写因子BCL11bの発現が必須である。BCL11bのスーパーエンハンサーから転写される非コードRNAであるThymoDとエンハンサー活性化機構の解明に向けた研究を継続した。ヒトThymoDの同定に向けて、ロングリードシークエンサーを用いた転写産物の同定を計画した。ヒトThymoD領域がT細胞系列で特異的に活性化されるか、公共データベースを用いて確認を行い、T細胞系列特異的に同領域のクロマチンがオープンとなり、エンハンサーマークを示すヒストン修飾、ThymoD及びBCL11bの遺伝子発現が上昇することを確認している。2020年度第2回先進ゲノム支援の援助も受けてヒト白血病細胞株5株、患者白血病検体及び健常者T細胞についての解析を計画した。患者検体の準備には東京医科歯科大学内及び解析施設である国立遺伝学研究所での倫理審査書類作成及び承認取得後、実施した。PacBio Iso-Seq用のサンプルはThymoD標的領域の転写量が低いことを想定し、非コードRNAに加えて周囲にあるコードRNAを含む2.5Mbの領域について濃縮法を用いて実施した。本法はPacBio用のlibrary prep kitのPCRプライマー配列に対してデザインしたblockerを用いて実施した。またロングリードシークエンサー用のDNA抽出にはQiagen Genomic-tipを用いた。解析用検体は提出済みでありシークエンス結果を確認していく。今後は、ヒトThymoDアイソフォームの正確な同定と機能解析、ヒトThymoD-BCL11ｂ領域の核内局在解析、Hi-C法を用いた3次元構造解析、ヒトThymoD領域に集積する複合体の網羅的プロテオーム解析を予定している。
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[Journal Article] Cytomegalovirus Laryngitis in Primary Combined Immunodeficiency Diseases2021
Author(s)
Maiko Inoue, Takeshi Isoda, Motoi Yamashita, Takahiro Tomoda, Kento Inoue, Tsubasa Okano, Teppei Ohkawa, Akifumi Endo, Noriko Mitsuiki, Takahiro Kamiya, Masakatsu Yanagimachi, Kouhei Yamamoto, Yuichiro Inaba, Toru Sasaki, Masatoshi Takagi, Hirokazu Kanegane, Kohsuke Imai, Tomohiro Morio
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Journal Title
J Clin Immunol.
Volume: 41
Pages: 243-247
DOI
Peer Reviewed
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