2018 Fiscal Year Annual Research Report
血液循環腫瘍DNAに注目した肢端型・粘膜型メラノーマのバイオマーカーの探索
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18K16054
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| Research Institution | Shinshu University |
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Principal Investigator |
境澤 香里 信州大学, 医学部附属病院, 医員 (20419352)
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| Project Period (FY) |
2018-04-01 – 2019-03-31
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| Keywords | 肢端型・粘膜型メラノーマ / KIT / copy number variation / circulating tumor DNA |
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| Outline of Annual Research Achievements |
①肢端型・粘膜型メラノーマ切除検体の免疫染色と遺伝子解析：当科で切除された肢端型・粘膜型メラノーマの切除検体（原発巣・転移巣）のKIT、CDK4、CCND1免疫染色を行い、染色性の有無を調べた。対象となったのは27例で原発巣と転移巣は合わせて41検体だった。41検体の免疫染色の結果、KIT陽性は19検体、CDK4陽性は20検体、CCND1陽性は25検体だった。KIT免疫染色に着目すると、19検体の陽性検体のうち、Immunoreactive score(IRS)が(+++)だったのは9検体だった。次に、切除検体のパラフィン包埋ブロックからDNA抽出を行いSanger法で遺伝子変異の有無を解析した。KIT遺伝子変異の検索では3例に変異を認めた（K642E、L576P、D816H）。3例はいずれもKIT免疫染色のスコアが(+++)だった。
②ddPCRを用いたCopy number（CN）ratioの解析：抽出したDNAを用いてKIT、CDK4、CCND1のCN ratioを調べた。正常組織のCN ratioの上限となるカットオフ値は確立していないため、対象とした症例の正常組織（HE染色でメラノーマ細胞を認めない部分）からDNAを抽出して3つの遺伝子のCN ratioを調べた。そして特異度100%となるような正常組織の上限値をカットオフ値と設定し、そのカットオフ値よりもCN ratioが高値である場合をCN alterationとした。KIT変異のあった3例のCN ratioは3.83、4.93、5.69といずれも上昇を認めた。さらにKIT免疫染色で(+++)だった例についてKIT遺伝子のCN ratioを検討し、CDK4、CCND1遺伝子のCN ratioについても検討した。
③血漿の保存：circulating tumor DNAの解析に備え27症例の血漿を保存した。
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