2019 Fiscal Year Annual Research Report
MicroRNA expression profiling of serum/csf derived exosomes in acute encephalopathy children by next-generation sequencing.
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18K16172
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| Research Institution | Nagoya University |
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Principal Investigator |
鳥居 ゆか 名古屋大学, 医学部附属病院, 医員 (00770281)
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| Project Period (FY) |
2018-04-01 – 2020-03-31
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| Keywords | 急性脳症 / エクソソーム / マイクロRNA |
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| Outline of Annual Research Achievements |
（1）血清エクソソーム中のマイクロRNA解析
脳症症例5例、熱性けいれん症例5例の血清のエクソソーム中マイクロRNAの解析を行った。miRCURY Exosome Isolation Kit-Serum and Plasmaを用いて血漿または血清300μl より抽出したエクソソームからQIAGEN miRNeasy Micro Kitを用いてsmall RNA抽出し、NEBNext small RNA Library Set for Illuminaを用いてライブラリを作成しMiseqで判読した。シーケンスデータはCLC workbenchを用いてクオリティトリミング、アダプタートリミングし、トリムした配列からマイクロRNAのデータベースであるmirBaseを用いてマイクロRNAを同定し、発現量を補正して症例グループ間で比較解析を行った。結果、脳症と熱性けいれんの群間において有意差のあるマイクロRNAは見られなかった。
（2）髄液エクソソーム中mir-381-3pの定量PCRによる検証
髄液エクソソームの解析において熱性けいれん群に比較して脳症群で有意に発現がみられたmir-381-3pについて定量PCRで検証を行った。前回、次世代シーケンサーで解析した同じRNAからTaqMan miRNA アッセイを行い、mir-383-3pと、両群で同等に発現のみられたmir204の発現を比較した。結果、mir381-3p、mir204ともに脳症群・熱性けいれん群で発現がみられ、発現量に差がみられなかった。結果の乖離の原因として、次世代シーケンサーの解析では前駆体を含めた解析であるのに対し定量PCRでは成熟マイクロRNAのみを定量していること、また、次世代シーケンサーによる網羅的解析と標的を定めた定量PCRでは検出感度が異なることが考察された。
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[Presentation] The Utility of Next-Generation Sequencing for Detection of Candidate Pathogens in Bronchoalveolar Lavage Fluid from Pediatric Patients with Respiratory Failure.2019
Author(s)
Suguru Takeuchi, Jun-ichi Kawada, Kazuhiro Horiba, Yusuke Okuno, Toshihiko Okumura, Takako Suzuki, Yuka Torii, Shinji Kawabe, Sho Wada, Takanari Ikeyama, Yoshinori Ito
Organizer
IDWeek2019
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[Presentation] Comprehensive Pathogen Detection for Pediatric Febrile Neutropenia by Metagenomic Next-Generation Sequencing.2019
Author(s)
Kazuhiro Horiba, Yuka Torii, Yuichiro Hara, Mayuko Shimada, Takako Suzuki, Suguru Takeuchi, Toshihiko Okumura, Hideki Muramatsu, Yoshiyuki Takahashi, Tomoo Ogi, Yoshinori Ito
Organizer
IDWeek2019
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