2018 Fiscal Year Research-status Report
Large scale genome analysis of Serratia marcescence to understand its pathogenicity and antimicrobial resistance
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18K16175
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| Research Institution | Kyushu University |
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Principal Investigator |
小野 友行 九州大学, 大学病院, 医員 (80725721)
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2018-04-01 – 2022-03-31
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| Keywords | セラチアマルセスセンス / 薬剤耐性 / 大規模ゲノム解析 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
Serratia marcescensは遺伝的に非常に多様性が高いと考えられている。また臨床上の問題点としては、近年多剤耐性菌のアウトブレイクの報告が散見されている。そこで本研究では多様な環境分離株と臨床分離株を収集して、Serratia marcescensの大規模ゲノム比較解析を行うことを目的をした。
研究を行うにあたり大規模な菌株コレクションの構築を行った。京都府内の様々な地域の土壌から分離した環境由来株、関東の大学病院や市中病院で分離された臨床由来株、フランスの病院で分離された臨床由来株と周辺の土壌から分離された環境由来株、宮崎大学附属病院で分離された臨床由来株、九州大学臨床検査部で分離された臨床由来株を分与していただいた。これらの株に加え、福岡・宮崎・関東の土壌から環境由来株を新たに分離した。土壌からの菌株分離は、特異的に分離が可能なDTC培地を用いて、コロニーの形成と溶解斑を指標として行った。分離した菌株については、それぞれ16SrRNA配列解析を行い、菌種確認を行った。
これらの日本・フランス各地で採取された臨床由来株と環境由来株をシーケンスを行った。さらに公共データベースに登録されている海外株のゲノム配列も加え、globalな視点での解析を行った。ゲノム解析では本菌の遺伝的多様性が高いことが明らかとなった。
また、ゲノム情報を使用して薬剤耐性遺伝子の検索を現在行っているが、高度の多剤耐性株が多く含まれる系統の存在が明らかになった。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
分与株、採取株ともにゲノムシーケンスは終了し、公共データベースに登録しているS.marcescensのデータの収集は終了し、比較ゲノム解析と薬剤耐性遺伝子の検索を現在進行している。また、研究室保有株に関しては実際の薬剤感受性試験を並行して行っている。
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| Strategy for Future Research Activity |
今後は比較ゲノム解析と薬剤耐性遺伝子の検索の継続とさらなる精査を行う。このデータをもとに病原性あ るいは薬剤耐性獲得能の高い系統の同定し、それらの系統における病原性関連遺伝子や薬剤耐性 遺伝子の獲得機構の解明を行う。また、研究室保有株に関しては実際の薬剤感受性試験と薬剤耐性遺伝子の検索の結果の相関関係の確認を行い、抗菌薬耐性遺伝子の獲得メカニズ ムなどの検討を行う。
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| Causes of Carryover |
（未使用が生じた理由）
予定よりも消耗品の支出が少なく済んだため、次年度使用額が生じた。
（次年度使用計画）
平成30年度経費の中で1,140,935円の未使用分があり、これを次年度に繰り越し、平成31年（令和元年）度は合わせて1,740,935円を消耗品費を中心に使用して研究を実施する予定である。
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