2019 Fiscal Year Research-status Report
Large scale genome analysis of Serratia marcescence to understand its pathogenicity and antimicrobial resistance
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18K16175
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| Research Institution | Kyushu University |
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Principal Investigator |
小野 友行 九州大学, 大学病院, 医員 (80725721)
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2018-04-01 – 2022-03-31
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| Keywords | Serratia marcescens / 大規模ゲノム解析 / 病原遺伝子 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
Serratia marcescensは遺伝的に非常に多様性が高いと考えられている。また臨床上の問題点としては、近年多剤耐性菌のアウトブレイクの報告が散見されている。そこで本研究では多様な環境分離株と臨床分離株を収集して、S. marcescensの大規模ゲノム比較解析を行うことを目的とした。 研究を行うにあたり大規模な菌株コレクションの構築を行った。京都府内の様々な地域の土壌から分離した環境由来株、関東の大学病院や市中病院で分離された 臨床由来株、フランスの病院で分離された臨床由来株と周辺の土壌から分離された環境由来株、宮崎大学附属病院で分離された臨床由来株、九州大学臨床検査部 で分離された臨床由来株を分与していただいた。これらの株に加え、福岡・宮崎・関東の土壌から環境由来株を新たに分離した。土壌からの菌株分離は、特異的に分離が可能なDTC培地を用いて、コロニーの形成と溶解斑を指標として行った。これらの日本・フランス各地で採取された臨床由来株と環境由来株をシーケンスを行った。さらに公共データベースに登録されている海外株のゲノム配列も加え、globalな視点での解析を行った。
ゲノム解析では本菌の遺伝的多様性が高いことが明らかとなり、Average nucleotide identity(ANI)を用いた解析では S. marcescensの集団の中でも複数の集団に分かれることが判明し、ANIの閾値から亜種である可能性がある菌株のグループが存在することが判明した。さらに、S. marcescensの近縁種とされていた種が、実際はS. marcescensである可能性も認められた。
薬剤耐性遺伝子の検索を現在行こない、上記の複数の集団の中でも、有意に薬剤耐性遺伝子の多い集団が存在することが判明した。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
S.marcescensの種の同定の解析を行い、論文の作成を開始している。また、研究室保有株に関しては実際の薬剤感受性試験を並行して行っている。
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| Strategy for Future Research Activity |
S.marcescensの多様性と薬剤耐性遺伝子の分布で判明したことに関しては、可能な限り早急に論文化する予定である。今後は研究室保有菌株の薬剤耐性を確認してゲノム解析で得られた薬剤耐性遺伝子の分布との相関を調査する予定としている。
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| Causes of Carryover |
（未使用が生じた理由）
予定よりも消耗品の支出が少なく済んだため、次年度使用額が生じた。
（次年度使用計画）平成31（令和元）年度経費の中で473,571円の未使用分があり、これを次年度に繰り越し、令和2年度は合わせて673,571円を消耗品費中心に使用し研究を実施する予定である。
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