2021 Fiscal Year Annual Research Report
Large scale genome analysis of Serratia marcescence to understand its pathogenicity and antimicrobial resistance
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18K16175
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| Research Institution | Kyushu University |
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Principal Investigator |
小野 友行 九州大学, 大学病院, 医員 (80725721)
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2018-04-01 – 2022-03-31
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| Keywords | セラチアマルセスセンス / Serratia marcescens / Serratia complex / 大規模ゲノム解析 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
Serratia marcescens(以下S. marcescens)は遺伝的に非常に多様性が高いと考えられている。また臨床上の問題点としては、近年多剤耐性菌のアウトブレイクの報告が散見されている。そこで本研究では環境分離株と臨床分離株を収集して、S. marcescensの大規模ゲノム比較解析を行うことを目的とした。 研究を行うにあたり大規模な菌株コレクションの構築を行った。京都府内の様々な地域の土壌から分離した環境由来株、関東の大学病院や市中病院で分離された臨床由来株、フランスの病院で分離された臨床由来株と周辺の土壌から分離された環境由来株、宮崎大学附属病院で分離された臨床由来株、九州大学臨床検査部で分離された臨床由来 株を分与していただいた。これらの株に加え、福岡・宮崎・関東の土壌から環境由来株を新たに分離した。これらの日本・フランス各地で採取された臨床由来株と環境由来株をシーケンスを行った。さらに公共データベースに登録されている海外株のゲノム配列も加えglobalな視点での解析を行った。ゲノム解析では本菌の遺伝的多様性が高いことが明らかとなり、Average nucleotide identity(ANI)を用いた解析では S. marcescensの集団の中でも複数の集団に分かれることが判明し、ANIの閾値から亜種である可能性がある菌株のグループが存在することが判明した。 薬剤耐性遺伝子の検索を行なったところ、複数の集団の中で有意に薬剤耐性遺伝子の保有数の多い集団が存在することが判明した。これらの結果は雑誌MICROBIAL GENOMICSに発表し受理された。
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